RT-PCRDescripteur MeSH

N2-AUTOINDEXEE
Rapport 17 autour de l’utilisation des valeurs quantitative des tests RT-PCR (les Ct) en santé publique
http://covid-ete.ouvaton.org/Rapport17_Ct_SFM.html
Les tests RT-PCR sont un des moyens de base de lutte contre les épidémies de maladies infectieuses. Ils consistent à détecter des microbes en amplifiant des motifs particulier de séquences génétiques présents dans leurs génomes. En simplifiant, l’ADN extrait de l’échantillon (le prélèvement naso-pharyngé) est mélangé avec des sondes nucléiques ou “amorces” – correspondant au motif génétique spécifique à votre virus –, des nucléotiques fluorescents et une enzyme (la polymérase). Au cours d’un cycle de réaction PCR (réaction de polymérisation en chaîne), l’ADN s’ouvre (on parle de dénaturation) et donne 2 brins complémentaire. Si un des 2 brins d’ADN contient la séquence reconnue par l’amorce, celle-ci s’y lie. Puis la polymérase vient elle aussi se fixer et fabriquer un nouveau brin d’ADN complémentaire. Un nouveau cycle peut alors commencer. Toutefois, on a maintenant le double de copies de notre cible (le brin d’ADN initial et son brin synthétisé). Bref, si on avait X copies de notre cible, on en a 2X (en réalité moins car il y a des pertes évidemment). Et à la fin du second cycle, cela passe à 4X (en théorie). Au fur et à mesure que le nombre de copies de la cible augmente, la fluorescence augmente. En effet, chaque nouveau brin d’ADN est fabriqué à partir de nucléotides fluorescents. Le niveau de fluorescence permet donc de suivre le nombre de copies de notre cible. On arrête la réaction quand la fluorescence atteint un seuil prédéfini.
2022
France
COVID-19
rapport
rapport albumine/globuline
RT-PCR
rapport de recherche
santé publique
Santé publique

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N3-AUTOINDEXEE
Avis n 2021.0007/AC/SEAP du 10 février 2021 du collège de la HAS relatif aux modifications des conditions d’inscription sur la LAP mentionnée à l’article L. 162-1-7 du CSS, à la détection du génome du virus SARS-CoV-2 par technique de transcription inverse suivie d’une amplification (RT-PCR) sur prélèvement salivaire
https://www.has-sante.fr/jcms/p_3236975/fr/avis-n-2021-0007/ac/seap-du-10-fevrier-2021-du-college-de-la-has-relatif-aux-modifications-des-conditions-d-inscription-sur-la-lap-mentionnee-a-l-article-l-162-1-7-du-css-a-la-detection-du-genome-du-virus-sars-cov-2-par-technique-de-transcription-inverse-suivie-d-une-amplification-rt-pcr-sur-prelevement-salivaire
Dans la continuité de son avis rendu fin janvier 2021, la HAS finalise la réévaluation des RT-PCR SARS-CoV-2 sur prélèvement salivaire. Ainsi, compte tenu des résultats d’une très large méta-analyse regroupant 65 essais portant sur les performances diagnostiques du test RT-PCR sur prélèvement salivaire et de la position du groupe d’experts, la HAS est désormais favorable à la prise en charge de ces tests non invasifs dans trois indications.
2021
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HAS - Haute Autorité de Santé
France
COVID-19
recommandation de santé publique
RT-PCR
établissements scolaires
7-methylbenzo[a]anthracene
Techniques
Techniques
transcription inverse
Abcès périanal
inversion
Agraphie
système informatisé d'entrée des ordonnances médicales
enquêteur
Virus
virus
PCR inverse
Fracture-luxation
enregistrements
Génome
amplificateurs électroniques
Techniques
Virus
génome
virus du SRAS
Abcès du poumon
Virus
Techniques
génome viral

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N2-AUTOINDEXEE
Méta-analyse de l’intérêt diagnostique des tests RT-PCR salivaires de détection du SARS-CoV-2
https://www.has-sante.fr/jcms/p_3237008/fr/meta-analyse-de-l-interet-diagnostique-des-tests-rt-pcr-salivaires-de-detection-du-sars-cov-2
Contexte & objectif d’évaluation Utilisé à des fins de détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR, le prélèvement de salive pourrait être moins sensible mais mieux accepté et lié à un moindre risque de contamination pour le personnel soignant que l’écouvillonnage nasopharyngé (NP). L’estimation de la perte de chance diagnostique induite par les tests RT-PCR sur prélèvement salivaire constitue ainsi un préalable à toute définition de leurs indications. La HAS a mené à cet effet une 1ère évaluation rapide en septembre 2020 ce qui l’a amenée à constater l’insuffisance et l’hétérogénéité des données disponibles à cette date. La HAS a alors préconisé à cette issue de limiter le recours aux tests RT-PCR salivaires en 2nde intention auprès des patients symptomatiques, en cas de difficulté voire d’impossibilité de prélèvement NP. Depuis cet avis, de nombreux essais comparatifs ont été publiés ce qui a conduit la HAS à décider de réévaluer la perte de sensibilité que pourrait induire la substitution de l’écouvillonnage NP par un prélèvement de salive, en conservant la technique RT-PCR comme référence d’isolement viral.
2021
HAS - Haute Autorité de Santé
France
COVID-19
méta-analyse
tests diagnostiques courants
méta-analyse comme sujet
virus du SRAS
Tests diagnostiques
Méta-analyse
RT-PCR
enquêteur

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N1-SUPERVISEE
Avis du 29 septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie (SFM) relatif à la réalisation des prélèvements salivaires pour la détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR dans le cadre du diagnostic des formes symptomatiques de la COVID-19
Version 2_21/02/2021
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2021/02/Avis-SFM-salive-SARS-CoV-2-V2-_-MAJ-fev-2021-_-def-21022021.pdf
Par saisine de la DGS en date du 21 septembre 2020, le Directeur Général de la DGS a demandé à la SFM d’émettre un avis concernant le mode opératoire pour la réalisation des prélèvements salivaires, tout en précisant également les modalités de réalisation par les patients d’autoprélèvements salivaires, afin de garantir le respect des exigences requises en phase préanalytique (matériel et modalités de prélèvement et de recueil de l’échantillon, conservation, transport …). Cette saisine fait suite à l’avis favorable, donné par la Haute Autorité de Santé (HAS), à l’inscription de la détection du génome du SARS-CoV-2 par RT-PCR sur prélèvement salivaire, sur la liste des actes et prestations, mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale dans l’indication de diagnostic des patients symptomatiques non hospitalisés jusqu’à 7 jours après apparition des symptômes, en orientant de préférence les patients vers le prélèvement salivaire lorsque le prélèvement nasopharyngé est difficilement ou non réalisable...
2021
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Répias
France
infections à coronavirus
pneumopathie virale
COVID-19
salive
Manipulation d'échantillons
prélèvement d'un échantillon de salive
information scientifique et technique
prélèvement d'échantillon pour microbiologie
RT-PCR
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
COVID-19
test COVID-19

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N1-SUPERVISEE
Gestion des cas de COVID-19 présentant un premier test d’amplification des acides nucléiques (TAAN) avec un résultat « détecté » ou « détecté faible quantité d’ARN viral » et de leurs contacts
https://www.inspq.qc.ca/publications/3047-cas-asymptomatiques-test-amplification-acides-nucleiques-positif-covid19
Le SRAS-CoV-2 (Syndrome Respiratoire Aigu Sévère Coronavirus 2) est l’appellation utilisée pour désigner le coronavirus causant l’infection de la COVID-19. Au Québec, des résultats de TAAN « détecté » ou « détecté faible quantité d’ARN viral » pour le SRAS-CoV-2 ont été rapportés chez des personnes asymptomatiques, pré-symptomatiques ou symptomatiques (incluant des personnes présentant des symptômes atypiques ou d’intensité légère), dans certains cas sans histoire d’exposition identifiées. L’objectif de cet avis est d’outiller les intervenants de la santé pour statuer sur la contagiosité des personnes présentant un résultat de TAAN « détecté » ou « détecté faible quantité d’ARN viral », afin d’orienter l’intervention de santé publique pour la prise en charge des cas de COVID-19 et de leurs contacts. Les recommandations présentées dans cet avis pourraient être adaptées pour une approche individuelle des travailleurs de la santé en fonction des mesures de prévention et contrôle des infections (PCI) en place dans les milieux concernés et du niveau de protection du travailleur ou dans la communauté lors d’un contexte épidémiologique particulier à une région.
2021
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INSPQ - Institut National de Santé Publique - Québec
Canada
COVID-19
pneumopathie virale
infections à coronavirus
RT-PCR
infections asymptomatiques
Covid-19 asymptomatique
traçage des contacts
Québec
gestion des soins aux patients
algorithme
recommandation professionnelle

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N1-SUPERVISEE
La recherche de COVID-19 par RT-PCR et écouvillon doit impérativement être réalisée sur un prélèvement nasopharyngé
« Le bon prélèvement au bon moment »
http://www.specialitesmedicales.org/offres/doc_inline_src/666/PRELEVEMENT%2BCOVID-19.pdf
Des reportages diffusés par de nombreuses chaines de télévision permettent de constater la mise en place de pratiques de prélèvement inadaptées, en ce qui concerne les campagnes de dépistage COVID-19 par RT-PCR actuellement menées en France.Le CNP de Biologie Médicale souhaite rappeler que la qualité du prélèvement a une incidence directe sur la qualité du résultat. Tout prélèvement inadapté augmente significativement le risque defaux négatif, avec toutes les conséquences graves qui pourraient en découler en terme de santé publique...
2020
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FSM - Fédération des Spécialités Médicales
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
échantillon nasopharyngien par écouvillonnage
Manipulation d'échantillons
information scientifique et technique
RT-PCR
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
Mise au point du CNR sur la réalisation des prélèvements et la sensibilité des tests RT-PCR pour la détection du SARS-CoV-2
https://www.sf2h.net/wp-content/uploads/2020/05/Mise-au-point-sur-la-sensibilité-des-tests-RT-PCR-final.pdf
Les tests RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngésont aujourd’hui considérés comme la technique de référence pour les virus respiratoires. Elle dépasse en sensibilité et souvent aussi en spécificité l’ensemble des autres tests conventionnels pour la détection des pathogènes (tests antigéniques, culture des virus), quelle que soit la technique de prélèvement...
2020
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SF2H - Société Française d'Hygiène Hospitalière
France
COVID-19
Manipulation d'échantillons
information scientifique et technique
sensibilité et spécificité
RT-PCR
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
pandémies
techniques de laboratoire clinique
Betacoronavirus
COVID-19
test COVID-19

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N1-SUPERVISEE
Coronavirus SARS-CoV-2 : poolage des tests RT-PCR
https://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=828
Le HCSP émet des recommandations relatives au dépistage du SARS-CoV-2 par RT-PCR en pool (groupage des échantillons testés). Compte tenu de contraintes organisationnelles (composition de groupe d’échantillons, délai de rendu des résultats) et de limites techniques (perte de sensibilité pour les échantillons faiblement positifs), le HCSP ne recommande pas la pratique du dépistage du SRAS-CoV-2 par RT-PCR par groupage d’échantillons testés. La détection du génome viral par RT-PCR individuelle dans les indications recommandées par le HCSP doit être la règle. Le HCSP souhaite toutefois que la technique de séquençage à haut débit qui permet de tester un grand nombre d’échantillons puisse être évaluée comme alternative à ce dépistage unitaire...
2020
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HCSP - Haut Conseil de la Santé Publique
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
échantillon groupé
sensibilité et spécificité
recommandation de santé publique
RT-PCR
pandémies
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
Comprendre et interpréter les résultats d’un dépistage de masse au sein d’un EMS
Propositions de courriers pour directeurs, résidents/familles, soignants, médecin Co/médecin traitant/médecin du travail
http://www.cpias-auvergnerhonealpes.fr/coronavirus/depistage-de-masse_comprendre-resultats.pdf
La RT‐PCR permet d’identifier la présence de génome viral (ARN viral) au niveau des voies aériennes supérieures pour un prélèvement naso‐pharyngé. La majorité des kits de prélèvements ont une spécificité de 100 % (absence de faux positifs). L’excrétion virale débuterait dans les 48 h qui précèdent la survenue des premiers symptômes d’une infection à SARS‐CoV‐2. Elle serait maximum au début de la maladie pour ensuite diminuer progressivement. Elle se poursuivrait pendant les 48 h qui suivent la disparition des symptômes, avec parfois une excrétion prolongée (3 à 6 semaines)...
2020
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CPias Auvergne-Rhône-Alpes
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
RT-PCR
établissements de soins de long séjour
Test PCR covid-19
correspondance comme sujet
information scientifique et technique
Dépistage de masse
pandémies
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
Avis du collège de la HAS portant sur les modalités de dépistage du virus SARS-CoV-2 chez les patients admis en établissement de santé
https://www.has-sante.fr/jcms/p_3185272/fr/avis-n-2020-0032/ac/sbpp-du-14-mai-2020-du-college-de-la-haute-autorite-de-sante-portant-sur-les-modalites-de-depistage-du-virus-sars-cov-2-chez-les-patients-admis-en-etablissement-de-sante
La question du dépistage systématique par RT-PCR de l’infection à SARS-CoV-2 des patients lors de l’admission en établissement de santé a été examinée à plusieurs reprises dans les réponses rapides de la HAS relatives à la prise en charge des patients atteints de pathologie chroniques et des femmes enceintes en cette période épidémique. Dans le cadre de la levée progressive du confinement, l’activité habituelle interventionnelle et non interventionnelle des établissements de santé reprend et pose la question de ce dépistage virologique des patients lors de l’admission en établissements de santé, qui peuvent favoriser la transmission de l’infection et concentrent des patients fragiles
2020
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HAS - Haute Autorité de Santé
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
Test PCR covid-19
RT-PCR
admission du patient
recommandation professionnelle
établissements de santé
Dépistage de masse
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
Betacoronavirus
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
Détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR sur frottis nasopharyngé
https://medicalforum.ch/fr/detail/doi/fms.2020.08554
Un résultat négatif de PCR nasopharyngée, malgré une excellente performance analytique du test, ne permet pas toujours d’exclure le COVID-19. Dans ce contexte, la prise en charge clinique et les conseils d’isolement se révèlent complexes...
https://doi.org/10.4414/fms.2020.08554
2020
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Forum Médical Suisse
Suisse
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
RT-PCR
échantillon nasopharyngien par écouvillonnage
sensibilité et spécificité
temps
signes et symptômes
article de périodique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
Betacoronavirus
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
Avis relatif à la pertinence d'un âge minimal pour tester les enfants par RT-PCR de SARS-CoV-2 avant un départ en Outre-mer
https://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=876
Le HCSP évalue la pertinence de fixer à 11 ans la limite d’âge pour un dépistage de Covid-19 par RT-PCR pour entrer en Outre-mer. Afin de contrôler l’épidémie de Covid-19 en Outre-mer, un dépistage par RT-PCR de SARS-CoV-2 réalisé 3 jours avant le départ est exigé à l’entrée de ces territoires à partir du 10 juillet 2020. Les situations épidémiologiques en Guyane et à Mayotte se distinguent de celles de la métropole, de la Guadeloupe, de la Martinique et de La Réunion du fait d’une circulation importante du SARS-CoV-2 et d’une tension sur l’offre de soins. Ainsi, il importe pour ces 2 départements, de veiller à ne pas aggraver la situation sanitaire par l’arrivée de voyageurs porteurs du SARS-CoV-2 pouvant impacter la situation épidémique et la tension sur l’offre de soins ou de voyageurs indemnes de Covid-19 mais à risque de formes graves en cas d’infection sur place...
2020
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HCSP - Haut Conseil de la Santé Publique
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
voyage
adolescent
DOM
Guyane française
Comores
Mayotte
Réunion
Martinique
Guadeloupe
facteurs de risque
recommandation de santé publique
enfant
RT-PCR
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
Coronavirus SARS-CoV-2 : contact tracing et sérologie
https://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=880
Le HCSP émet des recommandations relatives à l’interprétation des tests virologiques (RT-PCR sur prélèvements rhino-pharyngés et sérologie) lors du dépistage systématique ou du contact-tracing (personne asymptomatique). Les critères pour définir la conduite à tenir prennent en compte : un antécédent personnel ou non d’infection documentée à SARS-CoV-2, le profil virologique (résultats de RT-PCR et de la sérologie), la probabilité de contagiosité...
2020
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HCSP - Haut Conseil de la Santé Publique
France
COVID-19
pneumopathie virale
infections à coronavirus
traçage des contacts
RT-PCR
tests sérologiques
Test SARS-CoV-2
Dépistage de masse
anticorps du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu
ARN viral
anticorps antiviraux
recommandation de santé publique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
Betacoronavirus
COVID-19
test COVID-19

---
N1-SUPERVISEE
COVID-19 - Indications et critères d'accès au test de détection moléculaire du SARS-CoV-2
https://www.inesss.qc.ca/covid-19/investigation-procedures-diagnostiques/indications-et-criteres-dacces-au-test-de-detection-moleculaire-du-sars-cov-2.html
https://www.inesss.qc.ca/fileadmin/doc/INESSS/COVID-19/COVID-19_INESSS_test_detection_moleculaire.pdf
Considérant la situation actuelle de pandémie au Québec et ailleurs dans le monde, et à la lumière des informations présentées, l’INESSS dégage les constats suivants : La charge virale du SARS-CoV-2 évolue dans le temps en fonction du stade de la maladie et influence le résultat du TAAN. Un résultat négatif n'exclut pas la possibilité d'une infection par le SARS-CoV-2. Des études comportant plusieurs limites rapportent que la proportion d’individus asymptomatiques pourrait être importante (Niveau de preuve modéré). Les données disponibles varient en fonction de l’épidémiologie locale, de la population à l’étude et des conditions et critères d’accès au test...
2020
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INSPQ - Institut National de Santé Publique - Québec
INESSS - Institut national d'excellence en santé et en services sociaux
Canada
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
accessibilité des services de santé
Dépistage de masse
Québec
RT-PCR
recommandation de santé publique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
COVID-19
test COVID-19

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N2-AUTOINDEXEE
Coronavirus SARS-CoV-2 : antécédents de Covid-19 et RT-PCR positive
https://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=886
Le HCSP complète ses recommandations relatives au contact tracing ou au dépistage systématique S’agissant des personnes ayant des antécédents de Covid-19 documenté et présentant une RT-PCR positive à distance de la première infection. Lorsque ces personnes sont asymptomatiques, elles ne doivent pas être considérées comme un nouveau cas et il n’est pas nécessaire de les placer en quatorzaine. Elles doivent continuer à appliquer les mesures barrières recommandées dans le cadre de la prévention du SARS-CoV-2 En cas de nouveaux symptômes une démarche diagnostique doit être mise en place, adaptée à la symptomatologie S’agissant des personnes difficilement remplaçables (opérateurs d’importance vitale) : elles ne doivent pas être systématiquement mises en quarantaine en cas de contact, à l’instar de ce qui est préconisé pour les soignants. La formation aux gestes barrières est essentielle
2020
HCSP - Haut Conseil de la Santé Publique
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
recommandation de santé publique
antécédents
Coronavirus
RT-PCR
virus du SRAS
coronavirus
présentations de cas
coronavirus
pandémies
COVID-19

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N3-AUTOINDEXEE
Dépistage COVID-19 par RT-PCR chez les personnels hospitaliers Rappel des indications et recommandations au retour des congés
Version 1 – 4 août 2020
https://aphp.aphp.fr/wp-content/blogs.dir/268/files/2020/08/APHP-COVID19-FT-0045-Depistage-PCR-personnels-hospitaliers-au-retour-de-conges_v1.pdf
OBJECTIF Elargir les indications de dépistage du SARS-CoV-2 par RT-PCR chez les personnels et faciliter l’accès à ce dépistage. PREAMBULE - Au cours du mois de juillet 2020 une ré-augmentation progressive de la circulation du SARS-CoV-2 a été constatée : légère augmentation du pourcentage de PCR positives, du nombre de recours au SAMU, à SOS médecin ou au SAU. Dans les hôpitaux de l’AP-HP, 7 clusters impliquant 27 soignants et 31 patients sont survenus et le nombre de nouveaux personnels infectés a augmenté (21 en juin, 61 en juillet). - Le nombre de patients atteints de COVID-19 au retour d’un séjour à l’étranger est significatif, c’est pourquoi il est recommandé de réaliser un dépistage pour toute admission en hospitalisation d’un patient ayant séjourné à l’étranger, en Guyane ou à Mayotte dans les 14 jours précédents (MARS n 2020_65 bis du 31/07/2020) - D’après Santé Publique France (« synthèse rapide » du 08/07/2020), près d’un quart des infections par le SARS-CoV-2 restent asymptomatiques. Dans un contexte de recherche active des contacts, environ 50 % des transmissions surviennent durant la phase pré-symptomatique du patient source. Ces deux points mettent en exergue l’importance du dépistage du SARS-CoV-2 par RT- PCR pour rompre les chaines de transmission.
2020
AP-HP - Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
France
pneumopathie virale
infections à coronavirus
COVID-19
recommandation professionnelle
Dépistage
directives de santé publique
Fracture intertrochantérienne
indicateurs et réactifs
Dépistage de masse
Aéroportie
laisse entrevoir
indication de
hôpital
RT-PCR
vacances
Indicateurs
personnel hospitalier
pandémies
COVID-19

---
N3-AUTOINDEXEE
Organisation du dépistage de la COVID-19 par RT-PCR chez les personnels
Version 1 – 2 septembre 2020
https://aphp.aphp.fr/wp-content/blogs.dir/268/files/2020/09/20200902modalite%CC%81s-de%CC%81pistage-personnels.pdf
OBJECTIF - Faciliter l’accès au dépistage de la COVID-19 par PCR pour tout personnel travaillant à l’AP-HP, - Assurer la confidentialité de ces dépistages, - Assurer le suivi individuel et global des personnels dépistés, - Eviter des clusters avec des personnels ou des patients.
2020
AP-HP - Assistance Publique - Hôpitaux de Paris
France
pneumopathie virale
infections à coronavirus
COVID-19
recommandation professionnelle
organisation
Organisation
Organisation
Dépistage
RT-PCR
Fracture intertrochantérienne
Aéroportie
Dépistage de masse
pandémies
COVID-19

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N2-AUTOINDEXEE
Avis relatif à l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/09/Avis-SFM-valeur-Ct-excre%CC%81tion-virale-_-Version-Finale-25092020.pdf
Dans le cadre de l'épidémie de COVID-19, une stratégie de dépistage massif au niveau national a été déployée, reposant encore presque exclusivement sur la technique RT-PCR sur prélèvement naso-pharyngé (NP) pour détecter le génome du SARS-CoV-2, agent responsable de la COVID-19. La RT-PCR est la technique de référence et dispose d'une sensibilité très élevée permettant de détecter de très faibles quantités d'ARN viral dans les échantillons cliniques. Cette sensibilité soulève cependant des questions sur un risque éventuel de contagiosité de ces faibles charges virales. Les résultats faiblement positifs impliquent notamment des enjeux importants en termes de prise en charge des patients dans les établissements de soins et de santé, de conduite à tenir pour les individus asymptomatiques (cas contact, dépistages en EHPAD, autour de clusters …), les individus précédemment testés positifs et cliniquement guéris avant un voyage en Outre-Mer ou à l'étranger, et les patients nécessitant une admission en structure hospitalière hors indication COVID-19 ou de soins (séjour en EHPAD …).
2020
SFM - Société Française de Microbiologie
France
pneumopathie virale
infections à coronavirus
COVID-19
recommandation professionnelle
estimateur
RT-PCR
charge virale
interprète
ESTIMA
virus
Interprète
Dépistage
Respect
Dépistage de masse
virus du SRAS
pandémies
COVID-19

---
N2-AUTOINDEXEE
Revue rapide sur les tests RT-PCR SARS-CoV-2 sur prélèvement salivaire
https://www.has-sante.fr/jcms/p_3222428/fr/revue-rapide-sur-les-tests-rt-pcr-sars-cov-2-sur-prelevement-salivaire
La détection du génome du virus SARS-CoV-2 sur prélèvement nasopharyngé reste le test de référence pour le diagnostic et le dépistage de l’infection à SARS-CoV-2 compte tenu de son efficacité en termes de sensibilité et de spécificité. Toutefois, son caractère invasif limite son acceptabilité par les patients. C’est pourquoi la HAS a évalué l’intérêt de la RT-PCR sur un prélèvement alternatif : le prélèvement salivaire, ce dernier étant non invasif. Elle a notamment pris en compte les résultats intermédiaires de l’étude clinique COVISAL, réalisée dans le cadre d’un forfait innovation ayant reçu un avis favorable de la HAS le 07 août 2020.
2020
HAS - Haute Autorité de Santé
France
infections à coronavirus
pneumopathie virale
COVID-19
évaluation technologique
RT-PCR
virus du SRAS
pandémies
COVID-19

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N1-SUPERVISEE
Coronavirus SARS-CoV-2, interprétation des PCR faiblement positive et prélèvement nasal
https://www.hcsp.fr/explore.cgi/avisrapportsdomaine?clefr=963
Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) précise les situations pour lesquelles l’interprétation de la valeur du Ct (Cycle threshold) obtenue lors de la détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR 2 est pertinente pour évaluer le risque de contagiosité du sujet : chez les personnes asymptomatiques avec un antécédent de Covid-19, lors de suivi d’infection à SARS-CoV-2, dans le contexte professionnel. Le HCSP souligne que la date des premiers symptômes, quand ils existent, constitue le meilleur marqueur pour apprécier l’infectiosité du patient et que l’interprétation de la valeur de Ct ne doit pas être systématiquement prise en compte dans la stratégie de prise en charge et d’isolement de celui-ci...
2020
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HCSP - Haut Conseil de la Santé Publique
France
infections à coronavirus
COVID-19
pneumopathie virale
cycle threshold
RT-PCR
contagiosité
transmission de maladie infectieuse
Manipulation d'échantillons
excrétion virale
charge virale
réinfection
continuité des soins
prélèvement par écouvillonnage nasal
recommandation de santé publique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
COVID-19
COVID-19
test COVID-19

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N1-SUPERVISEE
Détection moléculaire du SARS-CoV-2 chez les individus asymptomatiques
https://www.inesss.qc.ca/covid-19/investigation-procedures-diagnostiques/detection-moleculaire-du-sars-cov-2-chez-les-individus-asymptomatiques.html
La charge virale du SARS-CoV-2 évolue dans le temps en fonction du stade de la maladie et influence le résultat du test par RT-PCR. Généralement, les faux négatifs sont attribuables à une charge virale trop faible au moment du prélèvement, surtout si celui-ci a été effectué au tout début ou à la toute fin de l’infection virale. Un ou plusieurs résultats négatifs n'excluent pas la possibilité d'une infection par le SARS-CoV-2. Plusieurs enquêtes épidémiologiques suggèrent que des individus auraient été infectés par des personnes pré-symptomatiques, mais aussi par des asymptomatiques. Des données fragmentaires issues de différentes sources comportant plusieurs limites rapportent que la proportion d’individus asymptomatiques serait importante. Les chiffres disponibles varient en fonction de l’épidémiologie locale, de la population à l’étude et des conditions et critères d’accès au test. Bien que ne faisant pas consensus, le dépistage systématique de certains groupes de personnes, comme les travailleurs de la santé et les résidents de milieux de soins de longue durée, a été recommandé par quelques organisations et experts afin de contenir la propagation de la maladie et protéger les personnes vulnérables...
2020
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INESSS - Institut national d'excellence en santé et en services sociaux
Canada
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
infections asymptomatiques
Porteur de SARS-CoV-2 asymptomatique
techniques de diagnostic moléculaire
Québec
RT-PCR
charge virale
Dépistage de masse
Covid-19 asymptomatique
Test moléculaire covid-19
recommandation professionnelle
pandémies
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
techniques de laboratoire clinique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
COVID-19
COVID-19
test COVID-19

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N1-SUPERVISEE
Mise en œuvre de la politique publique de tests française Guide d’Appui des laboratoires de renfort
https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/04/Appui-des-laboratoires-de-renfort-francais-au-COVID_230420.pdf
La pandémie de COVID-19 place la France dans une situation sanitaire inédite et entraine une pression sans précédent sur les services de santé publique. Une approche collaborative multidisciplinaire est nécessairepour renforcer la capacité française en matière de réalisation de tests afin de suivre la propagation du virus, de contenir sa progression et de répondre aux préconisations des autorités sanitaires. Un tel dispositif peut s’avérer indispensable pour répondre aux objectifs gouvernementaux de 500 000 tests par semaine en sortie de confinement.
2020
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SFM - Société Française de Microbiologie
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
techniques de laboratoire clinique
RT-PCR
recommandation de santé publique
politique publique
laboratoires
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
Betacoronavirus
COVID-19

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N1-SUPERVISEE
FAQ industriels : accès au marché et au remboursement des tests diagnostiques COVID-19
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/faq-industriels-tests-diagnostiques.pdf
Quelle réglementation est applicable aux tests diagnostiques COVID-19 en France ? Qu’est-ce qu’impose la directive européenne 98/79/CE aux fabricants de tests diagnostiques COVID-19 ? Quelles exigences faut-il respecter pour accéder au remboursement des tests diagnostiques COVID-19 en France ? En quoi consiste la validation par le CNR ? Est-elle obligatoire pour accéder au remboursement ? Existe-t-il une liste de tests diagnostiques COVID-19 présents sur le marché ?
2020
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Ministère de la Santé et de la Prévention
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
remboursement par l'assurance maladie
RT-PCR
tests sérologiques
législation comme sujet
information scientifique et technique
pneumopathie virale
infections à coronavirus
pandémies
pandémies
COVID-19
COVID-19

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N1-SUPERVISEE
Recommandations aux professionnels de santé en charge des prélèvements de dépistage par RT-PCR
Fiche professionnels de santé
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/covid-19__rt-pcr-ambulatoire-fiche-preleveurs.pdf
Les précautions d’hygiène recommandées pour la prise en charge d’un patient reposent sur le strict respect des précautions standards complétées par des précautions complémentaires de type «air» et «contact».
2020
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Ministère de la Santé et de la Prévention
France
COVID-19
infections à coronavirus
Manipulation d'échantillons
hygiène
infections à coronavirus
transmission de maladie infectieuse
Prévention des infections
dispositifs de protection
élimination des déchets médicaux
COVID-19
recommandation professionnelle
RT-PCR
Personnel de laboratoire d'analyses médicales
Dépistage de masse
Dépistage
pneumopathie virale
infections à coronavirus
COVID-19

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N1-SUPERVISEE
COVID-19 - Liste des réactifs de diagnostic par RT-PCR du sars-cov-2 marques CE
05/05/2020
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/liste-reactifs-diagnostic-rt-pcr.pdf
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/covid-19__rt-pcr-ambulatoire-fiche-preleveurs.pdf
Les réactifs de diagnostic du SARS-CoV-2 sont des dispositifs médicaux de diagnostic in vitro. Ils relèvent sur le plan réglementaire de la directive européenne 98/79/CE, c’est-à-dire qu’ils peuvent être mis sur le marché européen sous l’entière responsabilité de leurs fabricants après avoir été marqués CE conformément aux exigences de cette directive.
2020
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Ministère de la Santé et de la Prévention
France
COVID-19
infections à coronavirus
COVID-19
trousses de réactifs pour diagnostic
information scientifique et technique
RT-PCR
pneumopathie virale
COVID-19

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N2-AUTOINDEXEE
Dérogations pour la réalisation d’examens de détection du génome du SARS-COV-2 par RT PCR
Foire aux questions à destination des agences régionales de sante, des préfets et des laboratoires en capacite de réaliser des tests de RT-PCR COVID-19
https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/faq_derogations-laboratoires.pdf
2020
Ministère de la Santé et de la Prévention
France
COVID-19
infections à coronavirus
pneumopathie virale
recommandation de santé publique
génome
virus du SRAS
génome
émigration et immigration
santé
enquêteur
laboratoires
compétences pour le passage de test
analyse de laboratoire
RT-PCR
pandémies
COVID-19

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N2-AUTOINDEXEE
Évaluation de l’acte de recherche ou de quantification du gène de fusion BCR-ABL par RT-PCR dans le diagnostic et le suivi thérapeutique des leucémies myéloïdes chroniques et des leucémies lymphoblastiques aiguës
https://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_2774575/fr/evaluation-de-l-acte-de-recherche-ou-de-quantification-du-gene-de-fusion-bcr-abl-par-rt-pcr-dans-le-diagnostic-et-le-suivi-therapeutique-des-leucemies-myeloides-chroniques-et-des-leucemies-lymphoblastiques-aigues
L’objectif de ce travail était : d’évaluer l’utilité clinique de la RT-PCR : (i) pour la recherche des transcrits de fusion BCR-ABL dans le cadre du diagnostic initial de la LCM et de la LAL, (ii) pour la quantification du transcrit de fusion BCR-ABL dans le cadre du suivi thérapeutique et d’en définir les modalités ; de situer la place dans la stratégie de prise en charge de la recherche et de la quantification des transcrits de fusion BCR-ABL par RT-PCR ; d’évaluer les conditions de réalisation de la RT-PCR utilisée pour la recherche ou la quantification des transcrits de fusion BCR-ABL.
2017
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HAS - Haute Autorité de Santé
France
315. Leucémies aiguës
317. Syndromes myéloprolifératifs
français
évaluation technologique
leucémie
lymphoblaste
études d'évaluation comme sujet
fusion
RT-PCR
leucémie-lymphome lymphoblastique à précurseurs B et T
leucémie aigüe myéloïde
Recherche évaluative
Surveillance des médicaments
aucun diagnostic
Thérapeutique
leucémie myéloïde chronique, sai
fusion de gènes
Diagnostic
gènes abl
gène
leucémie myéloïde chronique BCR-ABL positive
thérapeutique
diagnostic

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N1-VALIDE
Détection par RT-PCR du virus Zika dans le sang et les urines
http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_2613150/fr/detection-par-rt-pcr-du-virus-zika-dans-le-sang-et-les-urines
http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_2613187/fr/detection-par-rt-pcr-du-virus-zika-dans-le-sang-et-les-urines-argumentaire
Pour répondre dans les délais souhaités à cette demande s’intégrant dans un contexte d’urgence de santé publique, la HAS a réalisé une analyse critique de la littérature synthétique issue d’une recherche documentaire systématique, puis recueilli la position du Centre national de référence des arbovirus pour identifier les éléments.
2016
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HAS - Haute Autorité de Santé
France
français
fièvre à virus zika
virus zika
aedes
infections à arbovirus
arbovirus
infections à arbovirus
infections à arbovirus
infections à arbovirus
signes et symptômes
RT-PCR
guides de bonnes pratiques cliniques comme sujet
évaluation technologique
Infection par le virus Zika

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N1-VALIDE
Diagnostic biologique direct précoce de la dengue par détection génomique du virus avec RT-PCR (transcription inverse et amplification génique par réaction de polymérisation en chaîne) - Rapport d'évaluation
http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_1253629/diagnostic-biologique-direct-precoce-de-la-dengue-par-detection-genomique-du-virus-avec-rt-pcr-transcription-inverse-et-amplification-genique-par-reaction-de-polymerisation-en-chaine-rapport-d-evaluation
http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_1356989/diagnostic-biologique-direct-precoce-de-la-dengue-par-detection-genomique-du-virus-avec-rt-pcr-transcription-inverse-et-amplification-genique-par-reaction-de-polymerisation-en-chaine-rapport-d-evaluation
Evaluer l'intérêt diagnostique et économique du test RT-PCR (reverse transcriptase - polymerase chain reaction), en vue d'améliorer le diagnostic direct précoce de la dengue
2013
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HAS - Haute Autorité de Santé
Paris
France
171. Voyage en pays tropical de l'adulte et de l'enfant : conseils avant le départ, pathologies du retour : fièvre, diarrhée, manifestations cutanées
175. Voyage en pays tropical de l'adulte et de l'enfant : conseils avant le départ, pathologies du retour : fièvre, diarrhée, manifestations cutanées
français
dengue
évaluation technologique
RT-PCR
diagnostic précoce

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N1-VALIDE
Diagnostic biologique direct précoce du Chikungunya par détection génomique du virus avec RT-PCR (transcription inverse et amplification génique par réaction de polymérisation en chaîne) - Rapport d'évaluation
http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_1253648/diagnostic-biologique-direct-precoce-du-chikungunya-par-detection-genomique-du-virus-avec-rt-pcr-transcription-inverse-et-amplification-genique-par-reaction-de-polymerisation-en-chaine-rapport-d-evaluation
http://www.has-sante.fr/portail/jcms/c_1356993/diagnostic-biologique-direct-precoce-du-chikungunya-par-detection-genomique-du-virus-avec-rt-pcr-transcription-inverse-et-amplification-genique-par-reaction-de-polymerisation-en-chaine-rapport-d-evaluation
Evaluer l'intérêt diagnostique et économique du test RT-PCR (reverse transcriptase - polymerase chain reaction), en vue d'améliorer le diagnostic direct précoce du chikungunya
2013
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HAS - Haute Autorité de Santé
Paris
France
171. Voyage en pays tropical de l'adulte et de l'enfant : conseils avant le départ, pathologies du retour : fièvre, diarrhée, manifestations cutanées
175. Voyage en pays tropical de l'adulte et de l'enfant : conseils avant le départ, pathologies du retour : fièvre, diarrhée, manifestations cutanées
français
évaluation technologique
RT-PCR
diagnostic précoce
Fièvre chikungunya

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