Libellé préféré : gènes tumoraux;
Synonyme CISMeF : Gènes des cancers; Gènes du cancer; Gène de tumeur; Gène tumoral; Gènes des tumeurs;
Hyponyme MeSH : Gènes de cancer; Gène de cancer;
Définition MeSH INSERM : Gènes dont l'expression anormale ou la mutation est associée avec le développement,
la croissance ou la progression des tumeurs.;
Identifiant d'origine : D052138;
CUI UMLS : C1567848;
- Alignements automatiques exacts (par équipe CISMeF)
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- Liste des qualificatifs affiliables
- Métaterme(s)
- Type(s) sémantique(s)
- Voir aussi
N3-AUTOINDEXEE
Développement d'outils biostatisques et bioinformatiques de prédiction et d'analyse
des défauts de l'épissage : application aux gènes de prédisposition aux cancers du
sein et de l'ovaire
http://www.theses.fr/2019NORMC418
L’analyse des défauts d’épissage est particulièrement complexe. Outre la diversité
des transcrits présents à l’état physiologique, les variations nucléotidiques peuvent
induire des modifications hétéroclites de l’épissage. Ces variations, appelées variants
splicéogéniques, et leur impact au niveau de l’épissage, sont à même de modifier plus
ou moins sévèrement le phénotype de l’individu.Au cours de ce travail de thèse, nous
nous sommes intéressés à trois grands aspects de l’étude des défauts de l’épissage
: (i) la prédiction de ces défauts d’épissage, (ii) l’analyse des données de RNA-seq
et (iii) le rôle de l’épissage dans l’interprétation de la pathogénicité d’un variant
pour la prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire (syndrome HBOC).Nous avons
optimisé les recommandations en vigueur pour identifier les variants splicéogéniques
au sein des séquences consensus des sites d’épissage. Ce travail a conduit à la publication
d’un nouvel outil SPiCE (Splicing Prediction in Consensus Elements), développé sur
395 variants. SPiCE a le potentiel d’être une aide à la décision pour guider les généticiens
vers ces variants splicéogéniques, grâce à une exactitude de 94.4 %. Puis, nous avons
comparé les outils de prédiction des points de branchement. Pour cela, une collection
sans précédente de 120 variants avec leurs études ARN a été établi dans la région
des points de branchements. Nous avons ainsi révélé que ces outils de prédictions
sont aptes à prioriser les variants pour des études ARN dans ces régions jusque-là
peu étudiées. Pour étendre les prédictions des variants splicéogéniques au-delà d’un
motif spécifique, nous avons construit l’outil SPiP (Splicing Prediction Pipeline).
SPiP utilise un ensemble d’outils pour prédire un défaut d’épissage quel que soit
la position du variant. Ainsi, SPiP peut ainsi s’adresser à la diversité des défauts
d’épissage avec une exactitude de 80.21 %, sur une collection de 2 784 variants.Les
données issues du RNA-seq sont complexes à analyser, car il existe peu d’outils pour
annoter finement les épissages alternatifs. Aussi nous avons publié l’outil SpliceLauncher.
Cet outil permet de déterminer une grande diversité de jonctions d’épissage, indépendamment
des systèmes RNA-seq utilisés. Cet outil renvoie aussi les résultats sous formes graphiques
pour faciliter leur interprétation.Puis nous avons évalué le rôle de l’épissage alternative
dans l’interprétation à usage clinique d’un variant. Le gène PALB2, impliqué dans
le syndrome HBOC, a été utilisé comme modèle d’étude. Nous avons ainsi démontré que
l’épissage alternatif de PALB2 est apte à remettre en cause la pathogénicité de certains
variants. La collecte de données fonctionnelles et cliniques sont donc nécessaires
pour conclure sur leur pathogénicité.Nos travaux illustrent ainsi l’importance de
la caractérisation et de l’interprétation des modifications de l’épissage pour répondre
aux défis présents et futurs du diagnostic moléculaire en génétique.
2019
theses.fr
France
thèse ou mémoire
attention
gènes tumoraux
biologie informatique
Gènes
Applications
Applications
ovaire
région mammaire
Bioinformatique
Prédisposition aux maladies
Applications
outil
gènes
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N3-AUTOINDEXEE
Les variants de signification indéterminée des gènes de prédisposition au cancer du
sein et de l’ovaire : enquête concernant les pratiques des gynécologues et des généticiens
https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-02307661
Introduction : Le dépistage génétique fait actuellement partie de la pratique clinique
courante. Certains variants retrouvés présentent une pathogénicité inconnue, et sont
appelés « variants de signification indéterminée » (VUS). Ils représentent jusqu’à
10-15% des altérations de BRCA1/2. L’objectif de notre étude était d’évaluer la façon
dont les gynécologues interprètent le dépistage d’un VUS portant sur un gène de prédisposition
au cancer du sein et de l’ovaire. Matériel et méthodes : 477 gynécologues, et 319
généticiens ou conseillers en génétique ont été invités à répondre à un questionnaire
en ligne d’avril à juillet 2019. Résultats : En ce qui concerne le questionnaire diffusé
aux gynécologues 50 personnes ont répondu et concernant celui des généticiens 55 personnes.
A propos des VUS : la majorité des gynécologues déclarent connaitre leur existence
(84 %, n 42) et donnent une information correcte (84 %, n 42). Concernant la surveillance
sénologique, évaluée par deux cas cliniques courts : seul 6 % (n 3) et 12 % (n 6)
des répondants ont conseillé une surveillance jugée comme adéquate. Concernant une
éventuelle chirurgie prophylactique les gynécologues sont plus interventionnistes
que les généticiens en présence d’un VUS. Conclusion : La prise en charge préconisée
par les gynécologues aux patientes porteuses de VUS est hétérogène, tant pour la surveillance
que pour les chirurgies prophylactiques du cancer du sein et de l’ovaire. Ces données
viennent encourager la pluridisciplinarité et la poursuite des efforts de formation
dans un domaine où les connaissances évoluent très rapidement.
2019
DUMAS - Dépôt Universitaire de Mémoires Après Soutenance
France
thèse ou mémoire
Ovaire
gènes tumoraux
cancer
Pratique
Cancer du sein
tumeurs du sein
Gènes de cancer
enquêteur
tumeur maligne, sai
Cancer de l'ovaire
gynécologue
tumeurs de l'ovaire
Cancer du sein
Prédisposition aux maladies
collecte de données
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