Description : Depuis son apparition à Wuhan en Chine en décembre 2019, le nouveau coronavirus humain
nommé SARS-CoV-2 a été responsable d’une pandémie mondiale avec plus de 200 millions
de cas et de 4,6 millions de décès. A l’IHU Méditerranée Infection à Marseille, nous
avons commencé le dépistage de l’infection par RT-PCR à la fin du mois de janvier
2020 et nous avons inscrit ce dépistage dans une approche syndromique respiratoire
plus globale avec des PCR multiplex afin de permettre à la fois le diagnostic du SARS-CoV-2
et des autres virus respiratoires. Ainsi, entre le 1er mars et le 30 avril 2020 nous
avons testé par RT-PCR 4222 patients pour l’infection par le SARS-CoV-2 et les autres
virus respiratoires. Un total de 643 patients a été positif uniquement pour le SARS-CoV-2
(15,2%), 1068 patients ont été positifs pour un virus autre que le SARS-CoV-2 (25,3%)
et 27 patients ont été co-infectés SARS-CoV-2 / autre(s) virus respiratoire(s) (4,2%).
Nous avons retrouvé parmi les co-infections surtout des rhinovirus, des coronavirus
humains saisonniers et des virus grippaux. Les 27 patients comprenaient 13 hommes
pour 14 femmes avec une moyenne d’âge ( écart-type) de 59,6 23,8 ans. Les charges
virales au diagnostic pour les patients co-infectés étaient plus élevées pour le SARS-CoV-2
et sur la durée de l’étude un patient a été admis en réanimation et un autre est décédé.
Le taux de co-infection était plus élevé chez les patients SARS-CoV-2 négatifs (45%)
avec une majorité de rhinovirus. Dans la littérature, de nombreuses études rapportent
des séries de patients co-infectés par le SARS-CoV-2 et un ou plusieurs autres virus
respiratoires mais ces taux sont considérablement variables, allant de 0,3% à plus
de 30%. Le taux de ces co-infections, s’avère lié à la coïncidence de ces différents
virus respiratoires. Même si les mécanismes associés à ces co-infections virales respiratoires
sont assez mal connus et caractérisés il parait important de les inclure dans une
démarche diagnostique syndromique afin d’adapter au mieux la prise en charge des patients.;