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Pseudo-éclosion de Mycobacterium tuberculosis due à une contamination croisée en
laboratoire : une investigation d’éclosion en épidémiologie moléculaire - CISMeF
Pseudo-éclosion de Mycobacterium tuberculosis due à une contamination croisée en
laboratoire : une investigation d’éclosion en épidémiologie moléculaireDocument
Titre : Pseudo-éclosion de Mycobacterium tuberculosis due à une contamination croisée en
laboratoire : une investigation d’éclosion en épidémiologie moléculaire;
Description : Contexte : La culture mycobactérienne est effectuée de façon systématique pour diagnostiquer
la tuberculose (TB) au Canada. Mondialement, les méta-analyses suggèrent que jusqu’à
2 % des cultures positives de Mycobacterium tuberculosis sont des faux positifs en
raison d’événements de contamination croisée en laboratoire. Cinq patients provenant
d’institutions cliniques distinctes à Montréal ont été diagnostiqués avec une TB à
culture positive lorsque leurs échantillons cliniques ont été traités dans un laboratoire
centralisé de mycobactériologie. Une contamination croisée a été suspectée en raison
de la positivité de la culture chez un donneur d’organes ayant une faible probabilité
prétest de TB. Nous décrivons une pseudo-éclosion de TB due à une contamination croisée
en laboratoire et évaluons le rôle du typage conventionnel (i.e., génotypage par la
méthode des unités répétitives dispersées sur le génome mycobactérien – nombre variable
de répétions en tandem [MIRU-VNTR]) et du séquençage du génome entier (WGS) pour étayer
l’enquête. Méthodes : Les facteurs de risque épidémiologiques et les présentations
cliniques des patients ont été évalués. Les trajectoires des échantillons pré- et
per-analytiques ont été retracées afin d’identifier d’éventuels événements de contamination
croisée. Les isolats de TB ont été caractérisés par MIRU-VNTR et WGS à l’aide du séquençage
d’Oxford Nanopore Technologies (ONT). Le pipeline bioinformatique tbpore cluster (v0.7.1)
a été utilisé pour les analyses phylogénétiques.;
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