Description : L’émergence de nouveaux variants du SARS-CoV-2 et leur propagation rapide depuis le
début de l’année 2021 ont bouleversé la situation épidémiologique de la Covid-19 dans
le monde. Porteurs de nombreuses mutations, dont la mutation N501Y qui confère une
meilleure transmissibilité, les variants d’intérêt possèdent un avantage sélectif,
en particulier le variant dit « britannique », devenu majoritaire en France dans toutes
les régions et contribuant à la reprise épidémique actuelle . Face à cette situation,
l’intensification des opérations de dépistage s’est imposée comme une mesure indispensable
pour juguler le rebond épidémique. Outre le déploiement d’unités mobiles de dépistage
gratuit, préconisé depuis plus de 6 mois par l’Académie nationale de médecine, la
stratégie du dépistage de masse a été appliquée dans les zones géographiques les plus
atteintes avant de gagner le milieu scolaire. Or, la capacité des tests à détecter
l’infection, symptomatique ou non, pourrait être altérée par les modifications génomiques
ou antigéniques des variants circulants des trois principaux lignages : B.1.1.7 (britannique),
B.1.351 (sud-africain) et P1 (brésilien). C’est pourquoi la réglementation française
stipule que les tests RT-PCR comportent deux cibles d’amplification afin de repérer
les mutants en cas de discordance. De même, les tests antigéniques homologués en France
ciblent la protéine N (nucléocapside virale), moins sujette aux mutations que la protéine
S (spicule). Pourtant, certains variants tels, que le B.1.616 (20C/655Y) qui a émergé
en Bretagne au mois de janvier 2021, peuvent donner des résultats faibles, voire négatifs,
en RT-PCR malgré un contexte clinique évocateur de Covid-19, leur identification nécessitant
un séquençage complet du génome viral par l’une des quatre plateformes françaises
EMER-GEN .;
Pays