Description : L'objectif de cette thèse était d'évaluer l'apport des données hospitalières pour
l'étude des infections bactériennes résistantes aux antibiotiques, à travers l'exemple
des bactériémies et de l'Entrepôt de Données de Santé de l'Assistance Publique - Hôpitaux
de Paris.Une base de données clinico-microbiologiques de plus de 30 000 patients hospitalisés
avec une bactériémie dans 14 hôpitaux avec une activité de soins aigus entre 2016
et 2019 a été structurée (base BactHub). Un travail exploratoire évalue l'apport d'un
programme de Traitement Automatisé du Langage Naturel pour l'identification des sites
primaires des bactériémies dans les comptes-rendus, en comparaison avec les codages
CIM-10.Les principales caractéristiques des patients, premiers épisodes et bactéries
sont décrites, selon l'origine communautaire ou nosocomiale de la bactériémie. Plus
de la moitié des patients étaient de sexe masculin, et d'âge 60 ans. Les taux de
mortalité étaient non négligeables, et allaient de 14 à 19% en intra-hospitalier
à 20-26% à J90. Les taux de résistance aux antibiotiques étaient importants : K. pneumoniae
C3G-R, 21-37% ; E. coli C3G-R 13-17% ; SARM 11-14%. La comparaison de nos résultats
avec la littérature conforte l'utilisation de la base pour la recherche.Ensuite, une
étude souligne l'impact majeur de l'identification d'une Klebsiella spp. C3G-R (OR
4,7), et de manière secondaire d'un E. coli C3G-R (OR 2,5), sur le risque de récurrence
de bactériémie à 1 an, dans les bactériémies communautaires, après ajustement. A contrario,
l'identification d'un SARM n'était pas liée à la récurrence.Enfin, les points clés
et les défis liés à l'étude du lien entre l'exposition individuelle aux antibiotiques
et la survenue d'infections bactériennes communautaires résistantes aux antibiotiques
sont présentés. Afin d'améliorer et de standardiser les futures études, une proposition
est discutée. En conclusion, l'enrichissement de la base avec des données issues du
SNDS augmenterait fortement le potentiel de la base pour la recherche.;
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