Description : L'établissement d'un répertoire exhaustif ainsi que son élargissement constituent
les deux objectifs principaux de ce travail. Nous avons d'abord établi la toute première
liste de bactéries identifiées par culture des voies respiratoires au travers de la
littérature scientifique. Nous répertorions ici 756 espèces, ce qui représente 27,23%
de l'ensemble des bactéries isolées chez l'homme lorsque comparé au répertoire établi
récemment par Bilen et al. Parmi ces bactéries, 514 avaient déjà été isolées au moins
une fois dans les poumons. Plus de la moitié (i.e., 65,5%) des bactéries isolées pour
la première fois dans des échantillons de poumons, ont été identifiées après les années
2000, soulignant la nécessité de poursuivre les efforts pour cultiver des microbes
à partir des échantillons de voies respiratoires. Nous pensons que la combinaison
de méthodes de culture à grande échelle telles que la culturomique et la métagénomique
aidera à mieux décrire le microbiote pulmonaire. Des études antérieures sur le microbiote
digestif le démontre. Nous avons ensuite utilisé des approches culturomiques et métagénomiques
pour explorer le microbiote respiratoire d'individus sains. Nous avons isolé 193 bactéries
par culturomics. Parmi ceux-ci, nous avons ajouté 84 au répertoire du microbiote respiratoire,
dont 14 nouvelles espèces. En utilisant des approches métagénomiques, 139 OTU identifiées
au rang de l'espèce dont seulement 49 (17,3%) étaient également retrouvées par culturomique,
confortant la complémentarité des deux approches. Enfin, nous avons utilisé la taxonogénomique,
une nouvelle approche permettant la description de nouvelles espèces bactériennes,
pour décrire 19 bactéries.;
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