Description : Le développement des méthodes de séquençage de nouvelle génération a permis d’approfondir
les connaissances sur le rôle des communautés bactériennes commensales pour la santé
de leur hôte, et l’impact négatif de la perturbation de leur équilibre. Les antibiotiques
sont les principaux perturbateurs de cet équilibre, mais leur impact n’a pas été quantifié
précisément.Nous avons quantifié la relation entre les concentrations fécales d’antibiotiques
et la perturbation de la diversité bactérienne au sein du microbiote intestinal, et
modélisé le lien entre la perte de diversité bactérienne et la probabilité de décès
dans un modèle animal de colite à Clostridium difficile induite par les antibiotiques.
Nous avons montré que l’indice de diversité de Shannon et la distance UniFac non pondérée
étaient les indices de diversité qui étaient le plus prédictif du décès dans ce modèle
d’infection.Chez des volontaires sains, nous avons développé un modèle mathématique
semimécanistique de l’évolution de la diversité au sein du microbiote, mesurée par
deux indices de diversité, après perturbation antibiotique, et quantifié la relation
entre l’exposition individuelle plasmatique et fécale à un antibiotique, et son effet
sur la perturbation de la diversité bactérienne au cours du temps. Nous avons également
analysé le rôle de la voie d’élimination des antibiotiques pour la limitation de l’impact
d’un antibiotique sur le microbiote. Ces travaux nous ont permis de montrer que le
microbiote intestinal présente une grande sensibilité aux antibiotiques, et que la
voie d’élimination ne semble de ce fait pas jouer un rôle prépondérant dans la perspective
de limiter l’impact des antibiotiques sur le microbiote intestinal.;
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