Libellé préféré : Hétérogénéité de la population;
Identifiant d'origine : M0017294;
CUI UMLS : C0086833;
Record lié au concept
- Type(s) sémantique(s)
N3-AUTOINDEXEE
Bioinformatique pour l’exploration de la diversité inter-espèces et inter-populations
: hétérogénéité & données multi-omiques
http://www.theses.fr/2019MONTT033
L’exploitation conjointe des données transcriptomiques et protéomiques permet l’étude
détaillée des mécanismes moléculaires induits lors de perturbations environnementales.
L’assemblage de données issues du séquençage des ARNs d’organismes dit « non-modèle
» permet de produire la base de données pour l’interprétation des spectres générés
en protéomique shotgun. Dans ce contexte, les travaux de thèse avaient pour objectif
d’optimiser l’interprétation et l’analyse des données protéomiques par le développement
de concepts innovants pour la construction de bases de données protéiques et l’exploration
de la biodiversité. La première étape s’est concentrée sur la mise au point d’une
méthode de pré-traitement des données de séquençage basée sur les résultats d’attribution
protéomique. La deuxième étape a consisté à travailler sur la réduction de la taille
des bases de données en optimisant les paramètres de la recherche automatisée des
régions codantes. La méthode optimisée a permis l’analyse de 7 groupes taxonomiques
de Gammaridés représentatifs de la diversité retrouvée in natura. Les bases de données
protéomiques ainsi produites ont permis l’analyse inter-population de 40 protéomes
individuels de Gammarus pulex répartis sur deux sites de prélèvement (pollué vs référence).
L’analyse statistique basée sur une approche « individu-centré » a montré une hétérogénéité
de la réponse biologique au sein d’une population d’organismes suite à une perturbation
environnementale. Différents sous-groupes de mécanismes moléculaires induits ont été
identifiés. Enfin, l’étude de la transversalité de biomarqueurs peptidiques identifiés
chez Gammarus fossarum a permis de définir les peptides communs à l’aide de l’ensemble
des données protéomiques et transcriptomiques. Pour cela, un logiciel d’exploration
des séquences peptidiques a été développé permettant de proposer de potentiels biomarqueurs
substituts dans le cas où les peptides définis ne sont pas applicables à certaines
espèces de gammare. Tous ces concepts s’intègrent dans une démarche pour améliorer
et approfondir l’interprétation des données par protéogénomique. Ces travaux entrouvrent
la porte à l’analyse multi-omique d’individus prélevés in natura en considérant la
biodiversité inter-espèce et intra-population.
2019
theses.fr
France
thèse ou mémoire
droits des animaux
ensemble de données
Hétérogénéité de la population
caractéristiques de la population
prothèse partielle fixe
Bioinformatique
biologie informatique
ensemble de données
---
