Les vidéos du séminaire qui s’est tenu le 3 février 2025 à l’occasion des 30 ans du site CISMeF sont à retrouver ici : https://www.youtube.com/watch?v=0XBVxJze3TM&list=PLtvVqqUuvjEXmF1h4yJquWO7Ioia5Nvl6&pp=gAQB
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Séminaire D2IM à l’occasion des 25 ans du site CISMeF
Le 4 février 2020, à l’occasion des 25 ans du site CISMeF, s’est déroulé une journée consacrée à la présentation des différents travaux de recherche actuels du D2IM.
Présentations :
- Introduction Stefan J. Darmoni, MD, PhD
- Le laboratoire LIMICS Marie-Christine Jaulent (DR INSERM)
- Les outils documentaires Gaétan Kerdelhué
- Principe de l’entrepôt de données sémantiques Stefan J. Darmoni, MD, PhD
- Moteur de recherche sémantique Romain Lelong, PhD
- Doc’EDS Julien Grosjean, PhD
- Exploitation de compte-rendus médicaux grâce aux words embeddings Mikaël Dusenne, MD
- HeTOP et terminologies de santé Kévin Billey
- Projet PSYHAMM Jean Charlet AP-HP/DRCI, Paris, France
- ReMIAMeS Dialogue de pharmaciens Catherine Letord et Catherine Duclos
- Projet ApiApps Jean-Charles DUFOUR, MD
- D2IM et Médecine Générale Matthieu SCHUERS, MD, PhD et Charlotte SIEFRIDT, MD
- Valorisation Stefan J. Darmoni, MD, PhD
- Alicante David Delerue
Posters :
- Assessment of semantic expansion strategies to query Pubmed Clément Massonnaud et al.
- The HealthTerminology/OntologyPortal (HeTOP) KévinBilley& the CISMeF team
- Modèle ontologique formel pour la sélection des variables dans les modèles multivariés pour les études observationnelles en recherche biomédicale Pressat-Laffouilhère, T., Grosjean, J., Darmoni, S., Benichou, J
Questions-Réponses sur le projet BDBfr
[Mise à jour du 09/01/2017 : La nouvelle version de LiSSa, base de données des articles médicaux en français, est en ligne]
[Mise à jour du 06/01/2016 : Lancement de LiSSa, base de données de la Littérature Scientifique en Santé]
Qu’est-ce que c’est ?
Il s’agit d’un projet financé par l’Agence Nationale de la Recherche visant à créer une base de données bibliographiques des principaux contenus scientifiques de santé en français (articles scientifiques principalement). Le projet se termine en mars 2018.
Qui participe à ce projet ?
Le CHU de Rouen mène le projet en s’appuyant sur les technologies et le savoir-faire utilisés pour réaliser CISMeF.
L’équipe Evalab du CIC-IT de Lille apporte ses méthodes de conception centrée utilisateur et son expertise en terme d’ergonomie.
La société Elsevier Masson apporte les métadonnées de ses revues scientifiques (auteurs, titres, résumés en français, liens…).
La société Alicante apporte son expertise en termes de bibliométrie et de visualisation des données bibliographiques.
La société SenseGates apporte son expertise technologique pour la recherche d’information.
Que peut-on y trouver ?
À l’heure actuelle, on y trouve des données provenant de PubMed, soit plus de 650 000 références bibliographiques provenant de plus de 2000 journaux scientifiques. Contrairement à PubMed, tout y est présenté directement en français.
Pour chaque référence, on trouve un lien vers PubMed et un lien vers la version numérique de l’article quand celui-ci existe (voir la figure ci-dessous pour les années récentes).
Quelles sont les améliorations à venir ?
En terme de contenu, plusieurs dizaines de milliers de résumés d’articles en français provenant des revues d’Elsevier Masson, partenaire du projet, vont être affichées.
La base de données va également s’ouvrir à d’autres revues scientifiques à comité de lecture en langue française. Les revues d’Elsevier Masson seront concernées puis d’autres éditeurs seront invités à participer. 600 références de la revue Exercer sont d’ors et déjà incluses : http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=bdbfr&q=*exercer.fr*.ur.
En termes de fonctionnalités, nous avons notamment prévu de proposer :
– Des options de recherche plus nombreuses (par nom d’auteur, de revues etc.)
– Un meilleur tri des résultats
– La possibilité de recevoir les mises à jour par e-mail
– Une compatibilité avec les logiciels de gestion bibliographique
– Des liens pour faciliter l’obtention des articles (pour localiser les revues notamment)
Peut-on se contenter de la littérature scientifique francophone ?
Bien que la publication primaire des résultats scientifiques se fasse aujourd’hui en langue anglaise, nous pensons que la langue maternelle a un rôle important à jouer pour la formation grâce à la littérature de synthèse, dite secondaire.
BDBfr vise, par ailleurs, à faciliter le passage vers la langue anglaise en permettant l’interrogation de PubMed en français en deux clics.
Est-ce un outil utilisable durant une consultation ?
Nous souhaitons faciliter au maximum l’accès aux articles mais le temps nécessaire à l’interrogation de la base et à la lecture des articles s’accorde mieux avec une utilisation hors consultation.
Comment BDBfr se positionne-t-il par rapport au libre accès ?
Le but de cette base de données est de faciliter la découverte, l’obtention et la citation des articles scientifiques médicaux écrits en langue française, qu’ils soient gratuits ou payants.
Dès que cela est possible des liens vers les articles en texte intégral sont ajoutés. Par exemple, 1 millier de liens vers la Revue Médicale Suisse http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=bdbfr&wt=true&q=*revmed.ch*.ur ou 300 liens vers les archives ouvertes de HAL http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=bdbfr&wt=true&q=*archives-ouvertes*.ur.
Concernant la littérature grise et les ressources gratuites en général, CISMeF oeuvre depuis 20 ans à leur référencement et compte plus de 110 000 ressources aujourd’hui. Les deux bases de données, CISMeF et le prototype BDBfr, sont liées et on peut basculer de l’une à l’autre en 2 clics.
Comment BDBfr se positionne-t-il par rapport aux autres catalogues en ligne, notamment la BDSP ?
Nous pensons que BDBfr apportera une offre inédite.
Concernant la BDSP, seules 5 revues indexées « in extenso » dans cette base sont présentes également dans BDBfr (Recherche en soins infirmiers, Revue d’épidémiologie et de Santé publique, Santé Publique, Gériatrie et Psychologie Neuropsychiatrie du vieillissement, Exercer). Le chevauchement de ces deux bases est donc limité a priori.
C’est le nom définitif ?
Le premier prototype présenté lors du congrès MEDINFO 2013 (voir ici) avait pour nom MLPubMed(fr) MultiLingual PubMed French version.
BDBfr (Base de Données Bibliographiques en français) est le nom du projet financé par l’Agence National de la Recherche jusqu’à mars 2018. Le site du projet : http://www.chu-rouen.fr/bdbfr/.
La base de données définitive devrait porter un autre nom mais la question n’est pas encore tranchée.
Peut-on l’utiliser dès maintenant ?
Nous avons fait le choix de rendre notre prototype publique avant que toutes les fonctionnalités soient implémentées : http://doccismef.chu-rouen.fr/bdbfr.
Pour en savoir plus sur le projet
« Hors des lignes directrices, point de salut! Vraiment? »
"Les médecins de famille peuvent-ils exercer une bonne médecine sans suivre les guides de pratique clinique ?" : quelques points de vue de la dernière livraison du Médecin de Famille Canadien
« J’arrête le HONcode »
Atoute supprime le sceau HONcode de ses pages. La certification fondée sur des principes déontologiques a trouvé ses limites et trop de sites médiocres affichent le label attribué conjointement par la fondation suisse et la haute autorité de santé française (suite)
La recherche biomédicale française en panne
"Le nouveau classement des chercheurs français dans les sciences du vivant confirme la perte d’influence de la recherche académique hexagonale. Depuis neuf ans, les 12.000 scientifiques français ne cessent de perdre du terrain face à leurs concurrents"
C’est paru dans les Echos le 19 mai 2010
Ressources sur les logiciels libres
L’UMVF (Université Médicale Virtuelle Francophone) vient d’annoncer sur son site Le programme UMVF veille http://www.uvp5.univ-paris5.fr/UMVFveille/.
"Le programme UMVF Veille a été lancé pour 3 raisons :
– faire connaître à nos adhérents les logiciels libres qui peuvent être utiles dans l’activité de e.learning,
– éviter de financer des logiciels déjà existants dans la communauté des logiciels libres,
– répondre à des besoins immédiats de l’UMVF."
Sur un thème proche, on pourra également consulter le site du projet PLUME (Promouvoir les Logiciels Utiles Maîtrisés et Economiques dans l’Enseignement Supérieur et la Recherche) http://www.projet-plume.org/.
Quel avenir pour la recherche médicale et les sciences de la vie en France
L’AERES (Agence d’Evaluation de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur) a rendu public jeudi 13 novembre dans ses locaux (20 rue Vivienne, 75002 Paris) le rapport d’évaluation de l’INSERM (Institut de la santé et de la recherche médicale).
http://www.aeres-evaluation.fr/Quel-avenir-pour-la-recherche
Réponse de l’INSERM :
http://www.inserm.fr/do/adractu/document/view?documentId=00003602
La lecture à l’hôpital
Le Bulletin des Bibliothèques de France vient de publier :
Les activités de lecture dans les établissements de santé
Lire à l’hôpital : recommandations institutionnelles
Pourquoi et comment travailler avec l’hôpital ?
BBF 2008 – Paris, t. 53, n° 5
Le mauvais usage du facteur d’impact
La revue "Science" vient au secours des chercheurs français" par Sylvestre Huet, journaliste à Libération
http://sciences.blogs.liberation.fr/home/2008/10/la-revue-scienc.html