CISMeF – CISMeF

Questions-Réponses sur le projet BDBfr

[Mise à jour du 09/01/2017 : La nouvelle version de LiSSa, base de données des articles médicaux en français, est en ligne]

[Mise à jour du 06/01/2016 : Lancement de LiSSa, base de données de la Littérature Scientifique en Santé]

Qu’est-ce que c’est ?

Il s’agit d’un projet financé par l’Agence Nationale de la Recherche visant à créer une base de données bibliographiques des principaux contenus scientifiques de santé en français (articles scientifiques principalement). Le projet se termine en mars 2018.

Qui participe à ce projet ?

Le CHU de Rouen mène le projet en s’appuyant sur les technologies et le savoir-faire utilisés pour réaliser CISMeF.
L’équipe Evalab du CIC-IT de Lille apporte ses méthodes de conception centrée utilisateur et son expertise en terme d’ergonomie.
La société Elsevier Masson apporte les métadonnées de ses revues scientifiques (auteurs, titres, résumés en français, liens…).
La société Alicante apporte son expertise en termes de bibliométrie et de visualisation des données bibliographiques.
La société SenseGates apporte son expertise technologique pour la recherche d’information.

Que peut-on y trouver ?

À l’heure actuelle, on y trouve des données provenant de PubMed, soit plus de 650 000 références bibliographiques provenant de plus de 2000 journaux scientifiques. Contrairement à PubMed, tout y est présenté directement en français.
Pour chaque référence, on trouve un lien vers PubMed et un lien vers la version numérique de l’article quand celui-ci existe (voir la figure ci-dessous pour les années récentes).

Quelles sont les améliorations à venir ?

En terme de contenu, plusieurs dizaines de milliers de résumés d’articles en français provenant des revues d’Elsevier Masson, partenaire du projet, vont être affichées.

La base de données va également s’ouvrir à d’autres revues scientifiques à comité de lecture en langue française. Les revues d’Elsevier Masson seront concernées puis d’autres éditeurs seront invités à participer. 600 références de la revue Exercer sont d’ors et déjà incluses : http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=bdbfr&q=*exercer.fr*.ur.

En termes de fonctionnalités, nous avons notamment prévu de proposer :
– Des options de recherche plus nombreuses (par nom d’auteur, de revues etc.)
– Un meilleur tri des résultats
– La possibilité de recevoir les mises à jour par e-mail
– Une compatibilité avec les logiciels de gestion bibliographique
– Des liens pour faciliter l’obtention des articles (pour localiser les revues notamment)

Peut-on se contenter de la littérature scientifique francophone ?

Bien que la publication primaire des résultats scientifiques se fasse aujourd’hui en langue anglaise, nous pensons que la langue maternelle a un rôle important à jouer pour la formation grâce à la littérature de synthèse, dite secondaire.

BDBfr vise, par ailleurs, à faciliter le passage vers la langue anglaise en permettant l’interrogation de PubMed en français en deux clics.

Est-ce un outil utilisable durant une consultation ?

Nous souhaitons faciliter au maximum l’accès aux articles mais le temps nécessaire à l’interrogation de la base et à la lecture des articles s’accorde mieux avec une utilisation hors consultation.

Comment BDBfr se positionne-t-il par rapport au libre accès ?

Le but de cette base de données est de faciliter la découverte, l’obtention et la citation des articles scientifiques médicaux écrits en langue française, qu’ils soient gratuits ou payants.

Dès que cela est possible des liens vers les articles en texte intégral sont ajoutés. Par exemple, 1 millier de liens vers la Revue Médicale Suisse http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=bdbfr&wt=true&q=*revmed.ch*.ur ou 300 liens vers les archives ouvertes de HAL http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=bdbfr&wt=true&q=*archives-ouvertes*.ur.

Concernant la littérature grise et les ressources gratuites en général, CISMeF oeuvre depuis 20 ans à leur référencement et compte plus de 110 000 ressources aujourd’hui. Les deux bases de données, CISMeF et le prototype BDBfr, sont liées et on peut basculer de l’une à l’autre en 2 clics.

Comment BDBfr se positionne-t-il par rapport aux autres catalogues en ligne, notamment la BDSP ?

Nous pensons que BDBfr apportera une offre inédite.
Concernant la BDSP, seules 5 revues indexées « in extenso » dans cette base sont présentes également dans BDBfr (Recherche en soins infirmiers, Revue d’épidémiologie et de Santé publique, Santé Publique, Gériatrie et Psychologie Neuropsychiatrie du vieillissement, Exercer). Le chevauchement de ces deux bases est donc limité a priori.

C’est le nom définitif ?

Le premier prototype présenté lors du congrès MEDINFO 2013 (voir ici) avait pour nom MLPubMed(fr) MultiLingual PubMed French version.
BDBfr (Base de Données Bibliographiques en français) est le nom du projet financé par l’Agence National de la Recherche jusqu’à mars 2018. Le site du projet : http://www.chu-rouen.fr/bdbfr/.
La base de données définitive devrait porter un autre nom mais la question n’est pas encore tranchée.

Peut-on l’utiliser dès maintenant ?

Nous avons fait le choix de rendre notre prototype publique avant que toutes les fonctionnalités soient implémentées : http://doccismef.chu-rouen.fr/bdbfr.

Pour en savoir plus sur le projet

http://www.chu-rouen.fr/bdbfr/

Financement du projet BDBfr (création d’une nouvelle base de données bibliographique médicale en langue française)

L’objectif de ce projet est de mettre, gratuitement sur l’Internet, à la disposition des professionnels de santé une base de données bibliographiques en français, concernant les principaux contenus de santé présents dans les journaux scientifiques principalement, qu’ils soient en accès gratuit ou en accès payant, qu’ils proviennent de supports numériques ou de supports papier.

BDBfr proposera des services à forte valeur ajoutée, notamment autour des technologies sémantiques et de la bibliométrie. Pour cette réalisation, nous avons réuni un consortium avec deux équipes académiques spécialisées en e-santé et trois industriels (Équipe CISMeF du CHU de Rouen, Laboratoire Evalab, Elsevier-Masson, Alicante et SenseGates).

Ce projet a été sélectionné et financé par l’ANR au titre de l’appel à projets générique du Plan d’action 2014, défi « Santé et bien-être »

Le site décrivant le projet : http://www.chu-rouen.fr/bdbfr/

Une première version de la base de données est accessible à l’adresse : http://doccismef.chu-rouen.fr/bdbfr.

Mise à jour de l’index alphabétique et des pages de CISMeF visibles par les moteurs de recherche

Parallèlement au moteur de recherche Doc’CISMeF, le contenu de notre catalogue est affiché sur des pages Web thématiques qui sont principalement visitées depuis les moteurs de recherche généralistes ou depuis l’index alphabétique.

Ces pages viennent d’être mises à jour. Leur charte graphique a été rafraichie et leur contenu est maintenant mis à jour au moins une fois par semaine.

Ancienne version : /pathol/douleur.html (Archive fournie par Internet Archive)

Nouvelle version : http://www.chu-rouen.fr/page/douleur

Trouver des sites d’associations de patients avec CISMeF

Nous recensons dans notre catalogue plus de 2300 associations de patients présentes sur le web. Pour faciliter la découverte de ces sites nous proposons un répertoire à cette URL : http://www.chu-rouen.fr/ssf/assopatientsrep.htm.

Nous avons mis à jour cette page récemment en incluant un moteur de recherche dédié. Vous pouvez y saisir directement le nom d’une pathologie, d’une ville, d’un département.

Quelques exemples : cancer du sein http://goo.gl/ZAA3X , Indre et Loire http://goo.gl/Le2wB, maladies rares http://goo.gl/D5RwX.

Retour du formulaire de recherche avancée

Le moteur de recherche Doc’CISMeF propose un nouveau formulaire de recherche avancée qui permet de formuler des équations de recherche complexes combinant plusieurs critères.

VOIR LA DÉMONSTRATION VIDÉO

Quelques définitions utiles pour comprendre le formulaire :

Explosion

Lorsqu’un terme est explosé, Colite par exemple, cela signifie que la recherche est effectuée sur la somme des références indexées avec les termes ci-dessous :

Colite
colite ischémique
rectocolite hémorragique
mégacolon toxique
entérocolite
entérocolite pseudomembraneuse
rectocolite

Opérateurs booléens

Les opérateurs booléens permettent de définir les relations entre des ensembles de résultats.

ET (intersection)

SAUF(exclusion)

OU (union)

Majeur / mineur

Une notion peut être majeure lorsqu’elle est traitée de façon prépondérante. Seuls les mots clés et les types de ressources peuvent être majeurs ou mineurs. On parle également de pondération, c’est la mesure de l’importance d’une notion dans un document.

Qualificatifs

Les qualificatifs représentent des concepts généraux employés pour préciser le sens des mots clés. L’ affiliation d’un qualificatif à un mot clé est destinée à mettre en évidence un aspect particulier du concept représenté par ce mot clé et en accroît ainsi la spécificité. Dans une notice de CISMeF, les qualificatifs se distinguent par une écriture particulière, ils sont précédés d’un slash /.
Exemple : asthme/diagnostic.

Type de ressource

Caractérise le nature ou le genre de la ressource. Le type de ressource peut être majeur ou mineur. Un document pédagogique peut, par exemple, avoir pour types cours et cas clinique. Cours peut être majeur car il s’agit essentiellement d’un cours et cas clinique en mineur car ce type est considéré comme secondaire.
Voir la liste des types utilisés dans CISMeF.

Doc’CISMeF, trier par pertinence ou par date

Le moteur de recherche http://doccismef.chu-rouen.fr propose désormais la possibilité de trier les résultats par date ou par pertinence (option choisie par défaut).

Le score qui justifie le tri par pertinence est également affiché. Il est calculé en fonction de l’adéquation entre la requête de l’utilisateur et les informations sur la ressource (mots du titre et indexation principalement).

Journée d’étude CISMeF : les présentations

Le 5 février a eu lieu une journée d’étude à l’occasion des 18 ans de CISMeF. Les présentations sont disponibles ci-dessous.

1 Introduction (S. J. Darmoni)

2 Catalogue CISMeF : contenu et innovations (G. Kerdelhué)

3 PTS : pourquoi ? Principales applications (J. Grosjean)

4 Alignement des terminologies médicales dans un portail (T. Merabti)

5 InfoRoute (R. Lelong)

6 Projet PlaIR (T. Paquet)

6 bis Impact de PLAIR pour CISMeF (S. J. Darmoni)

7 CISMeF et le dossier patient informatisé – Projet RAVEL – Extension vers Clinomics (J. Grosjean, C. Cabot, S. J. Darmoni)

8 Projet SIFADO (S. J. Darmoni, P. Massari)

9 Projet TerSan (Jean Charlet)

9 bis A côté de TerSan (Nicolas Griffon)

10 Projet SYNODOS (M.-H. Metzger, I. Kergourlay) http://www.synodos.fr/

11 Partenariat Vidal (JF Forget)

A venir

12 Le LIMICS (M.-C. Jaulent)

13 Où va CISMeF ? (S. J. Darmoni)

Nouvelle version du moteur de recherche de CISMeF

[Mise à jour] Cette version est en ligne à compter du 22/01/2013.

Le moteur de recherche de notre catalogue, Doc’CISMeF, connaîtra bientôt une mise à jour importante. Cette future version peut être testée à cette adresse : http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/.

Les principales nouveautés sont :

– Des propositions de termes de recherche lors de la saisie

– Un historique des recherches

– La possibilité d’effectuer une sélection de ressources

– Des temps de réponse améliorés

Commentaires et remarques sont les bienvenus.

Les résumés en français des revues Cochrane sont dans CISMeF

Les revues systématiques produites par la Collaboration Cochrane sont une source d’informations incontournables. Les résumés de ces revues sont en accès libre et le centre Cochrane Français www.cochrane.fr en traduit désormais plusieurs milliers.

Vous pouvez consulter ces résumés sur leur site mais aussi dans notre catalogue où ils sont désormais indexés : http://doccismef.chu-rouen.fr/dc/#env=basic&q=Centre+Cochrane+Français

Journée d’étude CISMeF (à l’occasion des 18 ans du site) 05/02/13

Programme (Mis à jour le 21/01/2013)

9:30 – 10:00 : Accueil des participants
10:00 – 10:15 : Introduction (S. J. Darmoni, B. Thirion)
10:15 – 10:35 : Catalogue CISMeF : les dernières innovations (G. Kerdelhué)
10:35 – 10:55 : PTS : pourquoi ? Principales applications (J. Grosjean)

10:55 – 11:20 : Pause

11:20 – 11:35 : Intéropérabilité sémantique (T. Merabti)
11:35 – 11:50 : InfoRoute (R. Lelong)
11:50 – 12:05 : Projet PlaIR (T. Paquet)
12:05 – 12:25 : Projet RAVEL (M. Cuggia, J. Grosjean)
12:25 – 12:35 : Extension vers Clinomics (C. Cabot)

12:35 – 14:15 : Cocktail déjeunatoire

14:15 – 14:35 : Projet SIFADO (C. Duclos, P. Massari, L. F. Soualmia)
14:35 – 14:55 : Projet TerSan (C. Daniel, N. Griffon)
14:55 – 15:15 : Projet SYNODOS (M.-H. Metzger, I. Kergourlay)

15:15 – 15:35 : Pause

15:35 – 15:50 : Partenariat Vidal (S. Pereira)
15:50 – 16:05 : Le LIMICS (M.-C. Jaulent)
16:05 – 16:30 : Où va CISMeF ? (S. J. Darmoni)

Si vous souhaitez participer, merci de nous contacter : maitre-toile.cismef@chu-rouen.fr