Mois : mai 2008

PubMed, toujours plus de résultats [mise à jour 03/07/2008]

PubMed vient d’annoncer plusieurs modifications du système d’ « automatic term mapping » (ATM), le système qui interprète les requêtes des utilisateurs.
Ce dernier a été notamment modifié pour inclure par défaut les noms d’auteurs et de journaux ce qui devrait faciliter la recherche à partir d’éléments bibliographiques.

Pour les recherches thématiques, les choses se compliquent puisque ces modifications favorisent très fortement le rappel au détriment de la précision, c’est à dire plus de résultats mais une proportion de références pertinentes plus faible.

Pour les requêtes composées de plusieurs termes, tous les mots sont désormais recherchés y compris si ils sont utilisés indépendamment.

 Sample search for gene therapy.

Old ATM:
« gene therapy »[MeSH Terms] OR gene therapy[Text Word]

New ATM:
« gene therapy »[MeSH Terms] OR (« gene »[All Fields] AND « therapy »[All Fields]) OR « gene therapy »[All Fields]

Avec ces modifications, toutes les références contenant gene et therapy sont incluses aux résultats y compris si ces mots sont utilisés séparément. Cette interprétation pourra poser problème avec les mots les plus courants.

Quelques exemples en chiffres (résultats du 29/05/2008 15h) :

– Gene therapy : 90744 (contre 36510 avec l’ancienne interprétation, soit une augmentation de 148%)
– hepatitis a : 152418 (contre 19850, + 668% )

[mise à jour 03/07/2008]

Le nouvel ATM a été corrigé pour que les lettres ou les chiffres isolés ne soient plus cherchés séparément.

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html

[fin de la Mise à jour]

– Gardner Syndrome : 1279 (contre 657, + 94%)

Plus que jamais, les guillemets (pour forcer la recherche d’expression) et les « Limits » (ou le nouveau formulaire de recherche avancée) sont indispensables pour interroger PubMed.

Source : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_pubmed_atm_cite_sensor.html

Google Health est en ligne

Quelque mois après Microsoft, Google propose son nouveau service Santé (uniquement destiné au public américain pour l’instant) : https://www.google.com/health/

Pour ceux qui veulent le découvrir sans s’inscrire, cette page est un bon début :  https://www.google.com/health/html/about/index.html.

Plus d’info http://www.zorgloob.com/2008/05/google-health-est-ouvert.asp

2 nouveaux outils autour de PubMed

– Anatomy Lens est un projet de recherche de la société IBM qui vise à améliorer la pertinence des résultats lors d’une recherche des articles de PubMed. Pour cela, le moteur de recherche exploite non seulement la terminologie MeSH mais également d’autres données et ontologies : "Foundational Model of Anatomy (FMA), Gene Ontology (GO), Gene Ontology Annotations (GOA)".

L’essai du service est gratuit après signature des conditions d’utilisation.

https://services.alphaworks.ibm.com/anatomylens/

 

– Polysearch est un outil de fouille de texte capable d’extraire de PubMed et d’autres bases de données de nombreuses associations entre maladies, gènes, substances, tissus etc.

L’article qui présente le projet : PolySearch: a web-based text mining system for extracting relationships between human diseases, genes, mutations, drugs and metabolites  (Free Full Text). 

Son URL http://wishart.biology.ualberta.ca/polysearch/

Un formulaire de recherche avancée pour PubMed

PubMed propose depuis hier un formulaire de recherche avancée en version beta.

Ce formulaire réunit sur une seule page des fonctionnalités qui étaient autrefois dispersées sous les onglets "limits" et "history" mais ne propose pas de réelles nouveautés.

La présentation officielle : http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/mj08/mj08_advanced_search.html