Description : La crise du Covid-19 en France a nécessité de mettre en place rapidement un système
de surveillance génomique à l'échelle nationale et régionale afin d'évaluer son impact
en santé publique : le consortium EMERGEN (consortium de surveillance et de recherche
sur les infections de pathogènes EMERgents via la GENomique microbienne). Les activités
de Santé publique France concernant ce consortium ont été financées par différentes
sources, dont le projet SEQ4EPI (Sequencing pathogens for epidemiology). Fort de l'expérience
avec le SARS-CoV-2, le consortium EMERGEN a permis de bâtir une infrastructure robuste
de séquençage, intégrant une base de données génomique nationale (EMERGEN-DB), des
outils bioinformatiques, et un réseau de laboratoires de séquençage. Initialement
focalisé sur le suivi des variants du SARS-CoV-2, ce modèle prouve en 2024 sa capacité
à s'adapter à d'autres agents pathogènes, notamment le virus monkeypox (Mpox) et l'influenza
zoonotique. Ce document explore les stratégies de surveillance génomique des pathogènes
émergents, en tirant parti des leçons apprises lors de la pandémie de COVID-19. Il
propose un cadre méthodologique pour étendre ces outils à d'autres pathogènes prioritaires,
en intégrant une approche One Health pour coordonner la santé humaine, animale et
environnementale. Ce mémento synthétise les enjeux critiques : élaboration d'outils
décisionnels pour les professionnels de santé publique, structuration des collaborations
interdisciplinaires, et développement d'approches standardisées pour répondre rapidement
aux urgences sanitaires. En se basant sur des scénarios réels, il propose une méthodologie
adaptable à toute émergence. En conclusion, ce document souligne l'importance d'une
coordination étroite entre épidémiologistes, microbiologistes et acteurs internationaux
pour anticiper les menaces sanitaires globales. Il offre un guide pratique pour intégrer
la génomique dans la surveillance de pathogènes émergents, tout en garantissant un
équilibre entre efficacité opérationnelle et le respect des règles européennes concernant
la protection de données.;
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