Le diagnostic de la maladie de Crohn iléo-colique repose habituellement sur un faisceau d'arguments biologiques, radiologiques et endoscopiques. En dépit d'améliorations techniques et d'une facilité plus grande d'exécution de l'iléoscopie, dans un nombre limité d'observations, porteurs de lésions strictement limitées au côlon, le diagnostic précis est parfois difficile, sinon impossible. Ce problème concerne environ 10% des patients porteurs de lésions exclusivement coliques. Plusieurs critères histologiques sont susceptibles de contribuer au diagnostic de la maladie de Crohn: infiltrat inflammatoire hétérogène, hyperplasie lymphoïde avec larges follicules, infiltration par des cellules lympho-plasmocytaires et des éosinophiles, microgranulomes, et enfin granulomes. En dehors du granulome, les autres critères manquent de spécificité et tous les auteurs reconnaissent que le granulome est le meilleur critère histologique de la maladie.