Plusieurs substrats alimentaires, principalement des glucides (amidon résistant, fibres alimentaires, etc.), échappent à la digestion dans l'intestin grêle et arrivent dans le gros intestin. Un des rôles de cet organe est de compléter leur hydrolyse et de sauvegarder ainsi une partie de leur énergie. Cette fonction est assurée grâce à la microflore anaérobie qui possède l'équipement enzymatique nécessaire pour hydrolyser puis métaboliser le matériel intestinal entrant dans le côlon. La dégradation ou fermentation de ce matériel aboutit à la production de différents composés, dont les principaux sont des gaz et des acides gras à chaîne courte (AGCC). L'acétate, le propionate et le butyrate sont les principaux AGCC produits et constituent les anions majoritaires du contenu colique. Leur concentration est maximale dans le côlon droit et diminue progressivement jusqu'au rectum. Les AGCC sont largement absorbés et métabolisés dans la muqueuse puis dans le foie. Ils fournissent ainsi une source d'énergie pour les cellules épithéliales dont ils stimulent le renouvellement. En dehors de ce rôle de nutriment, les AGCC ont d'autres propriétés physiologiques chez l'homme et participent à la régulation des processus normaux de la digestion. L'utilisation clinique de ces métabolites a été également envisagée dans le traitement de plusieurs affections digestives.