Dix à quinze pour-cent des oesophagites ne sont pas cicatrisées après 8 semaines d'un traitement antisécrétoire efficace (inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) ou fortes doses d'anti-H₂). La résistance au traitement est liée à un effet antisécrétoire insuffisant associé à la sévérité des anomalies physiopathologiques (insuffisance des facteurs de défense - acroissement des facteurs d'agression). La plupart des oesophagites résistantes cicatrisent avec un accroissement des doses d'IPP. Cependant la caractérisation des mécanismes pathogéniques susceptibles d'expliquer la résistance est souvent nécessaire pour déboucher sur un traitement plus adapté (médical ou chirurgical). Enfin, et en l'absence de symptômes, la persistance de lésions minimes peut être tolérée dans la mesure où l'aggravation des lésions est rare et ne s'accompagne pas de récidives.