La sélection génomique qui repose sur une évaluation du potentiel des candidats à partir de marqueurs moléculaires couvrant tout le génome se développera fortement à l'avenir, sans doute dans toutes les espèces mais à des degrés divers en fonction de son intérêt économique. L'intérêt est d'autant plus important que l'intervalle de génération est long, la valeur d'un reproducteur élevée et le phénotypage difficile ou coûteux. Les principaux enjeux dans le futur sont les suivants: réduire les coûts pour favoriser le développement à grande échelle ; élargir le panel de caractères sélectionnés, particulièrement les caractères de santé ; développer des méthodes présentant une bonne robustesse de prédiction au manque d'apparentement entre population de référence et candidats à la sélection ; à terme prendre en compte les interactions entre gènes et les interactions génotype x milieu. Des applications naîtront au-delà de la sélection au sens strict, par exemple dans la gestion du plan d'accouplement ou la minimisation de la perte de variabilité. D'un point de vue organisationnel, une plus grande intégration est attendue entre sélection et production des phénotypes. On observera à la fois plus de compétition et de différenciation entre acteurs mais aussi des collaborations nouvelles pour gagner en efficacité.