L'imagerie par résonance magnétique permet d'acquérir des images anatomiques et/ou fonctionnelles. Cet article décrit la méthodologie à employer pour analyser les images dites « d'activation ». Sont abordés: 1) le signal BOLD et ses propriétés ; 2) les contraintes pour monter le protocole ; 3) les prétraitements des images pour que tous les cerveaux étudiés soient dans le même espace et donc comparables ; 4) les statistiques nécessaires pour définir quelles sont les zones activées. Puis d'autres types d'études sont brièvement décrits: morphométrie, état de repos, connectivité et quantification du débit sanguin.