Chez une personne consultant pour diarrhée aiguë d'allure infectieuse sans notion de prise récente d'antibiotiques, la présence à la coproculture de nombreuses colonies d'E. coli sans plus de précision, de Staphylococcus aureus et de Candida albicans, est sans lien avec la diarrhée. Le caractère pathogène de l'entérobactérie Hafnia alvei est plausible. Il est donc raisonnable d'instituer un traitement court par quinolones lorsque la bactérie est identifiée par coproculture. Les protozoaires Blastocystis hominis et Dientameoba fragilis, identifiés par l'examen parasitologique des selles, sont vraisemblablement pathogènes. Un traitement imidazolé court, empiriquement efficace dans les essais, est légitime. Chez une personne consultant pour diarrhée aiguë apparue sous antibiotiques, la présence de nombreuses colonies de Candida albicans est sans lien démontré avec la diarrhée. L'identification de Clostridium difficile avec recherche négative de toxines ne doit pas faire conclure de facto au caractère non toxinogène, donc non pathogène, de la souche. La présence de Klebsiella oxytoca dans les selles, dont la preuve ne peut être faite le plus souvent que par culture des selles sur milieu sélectif, doit être tenue pour responsable jusqu'à preuve du contraire de la diarrhée, même lorsqu'elle n'est pas hémorragique. Chez une personne développant une colite distale au retour d'un voyage dans un pays à niveau d'hygiène, l'identification de formes végétatives mobiles et les tests de biologie moléculaire permettent de distinguer l'amibe pathogène Entamoeba histolytica, d'Entamoeba dispar, amibe non pathogène, ce que ne peut pas faire l'examen parasitologique standard. Le caractère pathogène de la présence de spirochètes, même nombreux, adhérents à la muqueuse intestinale sur les biopsies coliques réalisées pour diarrhée et/ou colite, n'est pas établi.