La tolérance orale aux antigènes alimentaires, indispensable à la survie, repose sur l'action combinée du système immunitaire digestif et du microbiote intestinal. Les lymphocytes T régulateurs, spécifiques des antigènes commensaux ou alimentaires, sont les effecteurs principaux de la tolérance orale. Leur induction dépend de l'action de cellules dendritiques tolérogènes, couplée à celle des cellules épithéliales et stromales intestinales, en présence de cytokines et de certains métabolites, tel l'acide rétinoïque. D'autres types cellulaires, tels les cellules auxiliaires naturelles, ont un rôle encore mal précisé. Enfin, l'apport au nourrisson des antigènes alimentaires sous forme dégradée, et conjugués aux composants du lait maternel joue sans doute un rôle important.