Les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) sont à l'origine de complications potentiellement léthales, (hémorragie gastro-intestinale, perforation) et par conséquent un traitement prophylactique anti-ulcéreux est justifié. Celui-ci n'est toutefois indiqué que pour certains patients chez qui ce risque est particulièrement élevé : les patients âgés de plus de 65 ans; ceux qui ont des antécédents d'ulcère; lors d'association à un traitement d'anticoagulant ou à des corticostéroïdes par voie systémique; et lorsqu'on utilise de fortes doses d'AINS. Le sucralfate et les antacides sont inefficaces comme agents prophylactiques. Le misoprostol prévient les lésions gastriques et duodénales, mais ses effets secondaires limitent son emploi. A défaut, on peut utiliser les anti-H2 qui, cependant, ne préviennent que les ulcérations duodénales. Les inhibiteurs de la pompe à proton constituent une autre alternative bien qu'il y ait encore trop peu de résultats publiés pour évaluer leur efficacité réelle dans cette indication.