Tous les Phytomédicaments, plantes médicinales et les formes pharmaceutiques associées contiennent en général un ensemble de composés très nombreux ; c'est cette grande quantité de principes actifs qui complique l'approche scientifique de la phytothérapie ; l'analyse chimique est très complexe et l'expérimentation pharmacologique difficile car elle n'est pas, comme en allopathie, une thérapeutique monomoléculaire. La matière végétale vivante est variable et la teneur en principes actifs comme le montre l'existence de chimiotypes différents, peut différer selon les lieux de production, les variations de climat sur le lieu lui-même, les conditions de récolte, la raréfaction des sites naturels de plantes sauvages, tous ces facteurs peuvent expliquer un manque de reproductibilité des effets pharmacologiques. D'autre part, les dosages recommandés par les diverses pharmacopées ne concernent pas toujours les principes les plus actifs mais ce que les chimistes appellent un marqueur. Il s'agit de la molécule toujours rencontrée dans la plante mais pas forcément la plus active ; c'est le cas notamment pour les plantes à flavonoïdes qui agissent conjointement et globalement alors qu'un seul flavonoïde est dosé. Ainsi la phytothérapie raisonne toujours sur l'efficacité thérapeutique d'un totum de plante, totum que l'analyse chimique ne peut pas gérer entièrement; c'est pour cela que la chromatographie sur couche mince permet d'avoir une image des nombreux composants de la plante et reste une méthode de choix pour les contrôles préconisés par la pharmacopée européenne tandis que l'HPLC (chromatographie liquide sous haute pression) et autres méthodes sont employées pour doser un seul composant bien particulier.