Les crises sanitaires et les catastrophes, naturelles ou technologiques, revêtent des enjeux multiples et peuvent avoir des conséquences graves sur les populations humaine et animale, l'économie ou l'environnement. La gestion d'une crise majeure fait appel à une coopération pluridisciplinaire, placée sous l'autorité du représentant de l'État. Dans ce domaine, le Service de santé des armées coopère avec la Direction générale de la santé. Il peut également être mobilisé au travers d'actions interministérielles impliquant des vétérinaires des armées. Si la principale justification de la présence d'un vétérinaire dans ce type d'évènements tient à la place de l'animal dans la catastrophe, son positionnement à l'interface homme-animal-environnement apporte une plus-value incontestable. La modernisation de la sécurité civile est l'occasion d'intégrer des compétences vétérinaires dans le dispositif d'Organisation de la réponse de sécurité civile, devenu outil unique et permanent de gestion des catastrophes quelle que soit leur origine. La Zone de défense et de sécurité Sud-est et la Direction régionale du Service de santé des armées de Lyon ont été précurseurs dans ce domaine, avec l'élaboration d'un ordre zonal d'opérations « santé publique vétérinaire » qui complète le plan ORSEC de zone.