Les applications cliniques potentielles des découvertes dans le domaine de la génétique des maladies inflammatoires chroniques intestinales comprennent le diagnostic génétique, la stratification des patients en sous-groupes présentant des risques évolutifs différents et éventuellement des réponses différentes aux traitements et enfin l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques. Compte tenu du caractère ploygénique complexe de ces maladies, il est peu probable qu'un diagnostic génétique soit un jour d'application. Des études sont en cours pour tenter de stratifier les patients en accord avec leur risque évolutif, mais ces études nécessitent des outils mathématiques nouveaux et spécifiques. L'identification de nouvelles cibles thérapeutiques est certainement l'aspect qui aura le plus rapidement des répercussions cliniques importantes. En particulier, des anticorps dirigés contre l'interleukine-23 sont en cours d'évaluation dans des études de phase ₃.