Abcès et fistule anale sont deux stades de la même maladie. Le traitement doit tarir la suppuration et ne pas créer d'incontinence. C'est en fonction de ce risque d'incontinence que l'on distingue les fistules simples et complexes. Une fistule simple peut être mise à plat en un temps sans compromettre la continence: son traitement est la fistulotomie. Lorsque la fistulotomie risque de compromettre de façon significative la continence, plusieurs stratégies sont envisageables. L'utilisation classique du drainage par séton dans une stratégie de fistulotomie en plusieurs temps permet de tarir la suppuration au prix de troubles de la continence. Les stratégies d'épargne sphinctérienne consistent à obturer l'orifice interne (lambeau d'avancement) ou à combler le trajet (colle ou bouchon de collagène). Bien que non applicables dans tous les cas, elles sont très efficaces sur la prévention de la continence et beaucoup moins pour la prévention de la récidive (50 %). La qualité de vie dépend de la récidive et de la continence postopératoires. Les résultats des différentes stratégies restent cependant difficiles à comparer.