Des zoonoses émergentes récentes (fièvres hémorragiques à virus Ebola ou Marburg, encéphalites à virus Nipah, syndrome respiratoire aigu sévère à virus SARS...) ont attiré l'attention des scientifiques sur le potentiel des chauves-souris comme vecteur de maladies infectieuses chez l'homme. Ce potentiel est connu de longue date en ce qui concerne l'encéphalite rabique, puisque sept des huit génotypes connus de Lyssavirus sont transmis par des chiroptères. De plus, les reconstructions phylogénétiques indiquent que les Lyssavirus ont évolué chez les chiroptères avant d'émerger chez les carnivores. Toutefois, ces derniers demeurent les vecteurs rabiques les plus redoutables pour la santé publique, notamment le chien dont la morsure est à l'origine de 55.000 décès par an, surtout dans le monde en développement. Le contrôle de la rage chez les carnivores par vaccination parentérale (chien) ou orale (carnivores sauvages) a montré son efficacité et des campagnes commencent à être implémentées globalement. Il demeure néanmoins encore irréaliste de contrôler la rage chez les chauves-souris, d'autant plus que la pathogénicité des lyssavirus de chiroptères pour leurs hôtes est un sujet de débat, comme si une longue cohabitation avait permis l'établissement d'une «relation diplomatique» entre les partenaires. De la comparaison des interactions que l'homme et les chauves-souris établissent avec les Lyssavirus, les chercheurs tentent plutôt de déduire les bases moléculaires de la pathogénicité chez l'homme, un préalable indispensable pour l'identification des cibles antivirales dans une perspective de thérapie.