Les examens morphologiques digestifs disponibles sont d'utilité différente, selon que l'on considère le stade initial de diagnostic d'une maladie de Crohn (MC), son suivi évolutif ou la recherche d'une complication. Les examens endoscopiques sont une étape incontournable de l'établissement du diagnostic. La vidéocapsule endoscopique et l'entéro-IRM permettent d'identifier des lésions intestinales, mais celles-ci seront au mieux confirmées par l'entéroscopie poussée ou double ballon. Les examens irradiants sont à éviter autant que possible pour faire le bilan morphologique lésionnel à froid d'une MC. Le scanner abdominal reste l'examen clé, en urgence, devant la suspicion d'une complication digestive.