L'acheminement d'un ARN messager depuis le noyau vers sa destination cytoplasmique ressemble à un véritable « parcours du combattant» où d'incessantes interactions avec des protéines régulatrices gouvernent le devenir de chaque messager. Certains phénomènes de régulation résultent des interactions entre les régions non traduites situées en 5' et en 3' de l'ARN, d'autres impliquent des protéines qui règlent spécifiquement le transport, la traduction ou la stabilisation du messager. L'ARN messager, tout comme l'ADN, porte des signaux actifs en cis sous forme de séquences régulatrices; elle permettent à la cellule de répondre à de nombreux facteurs endogènes, agissant en tans et adaptant la traduction et/ou la stabilité d'un ARN messager à différentes conditions physiopathologiques. Par conséquent, ces séquences participent comme les promoteurs et les enhancers à la régulation de l'expression des gènes.