L'implantation des techniques d'hybridation in situ fluorescente (FISH) dans les laboratoires de cytogénétique a permis de combler progressivement le fossé existant entre la cytogénétique et les techniques de biologie moléculaire. L'hybridation génomique comparative (CGH) est une technique de FISH, reposant sur l'hybridation simultanée et compétitive d'ADN test (généralement tumoral) et d'ADN témoin, marqués à l'aide de fluorochromes différents, sur des métaphases lymphocytaires normales. Par analyse d'images, il est ensuite possible de calculer le ratio d'hybridation de chacun de ces deux ADN le long de chaque chromosome. On dessine ainsi un « caryogramme » du prélèvement testé, sans avoir besoin d'obtenir au préalable des mitoses tumorales. Cette technique a été jusqu'alors essentiellement utilisée en oncologie, mais commence aussi à se développer en hématologie. Les principales indications sont bien entendu les hémopathies à faible potentiel prolifératif (lymphopathies chroniques, lymphomes), ainsi que les échecs de caryotype, ou à l'inverse les caryotypes très complexes, dans les leucémies aiguës. L'autre avantage de cette technique est qu'elle est peu consommatrice de matériel biologique puisque quelques dizaines de cellules sont suffisantes à une analyse. Au total, la CGH apporte des informations complémentaires à la cytogénétique conventionnelle et devrait peu à peu s'intégrer dans l'arsenal des techniques utilisées pour préciser le diagnostic et le pronostic des hémopathies.