Les outils moléculaires et informatiques existent pour identifier sans ambiguïté les entérovirus non poliomyélitiques dans un but taxonomique, diagnostique ou épidémiologique. Le génotypage des souches d'entérovirus effectué avec le gène de la protéine de capside VP1 remplace le typage par séroneutralisation et permet une identification précise des souches isolées en culture. En taxonomie virale, il montre la proche parenté génétique de sérotypes humains avec des entérovirus animaux et les rhinovirus classés dans un genre différent de la famille des Picornaviridae. Effectué directement dans le liquide céphalorachidien, le génotypage des souches responsables de méningites peut être réalisé de façon prospective, chez un plus grand nombre de patients, en 2 à 5 jours ; il peut contribuer à répondre sans délai à une alerte sanitaire. Une contribution récente de l'épidémiologie moléculaire des entérovirus concerne l'exploration de la diversité génétique des sérotypes (génotypes, lignées), la description des modes de circulation et la transmission des virus variants à l'origine d'épidémies (échovirus 30, entérovirus 71). La prise en compte de caractéristiques épidémiologiques comme l'importation fréquente de souches d'origines géographiques différentes plaide en faveur d'une généralisation du génotypage des entérovirus. Le génotypage permet aussi l'identification des souches recombinantes. La variation par recombinaison génétique homologue est essentielle au maintien de la diversité des entérovirus. La fréquence des signatures moléculaires d'événements de recombinaison chez les souches circulantes suggère des co-infections nombreuses pendant leur circulation dans la population générale. L'implication exacte de la recombinaison dans l'émergence des virus variants et l'épidémiologie des entérovirus est à explorer.