L'appareil génital féminin est composé de deux secteurs micro-biologiques. Le premier (vulve, le vagin et exocol) est ouvert sur l'extérieur et est colonisé par la flore commensale. Il est isolé du second secteur stérile, représenté par la cavité utérine, la cavité tubaire et pelvi-péritonéale. Les deux secteurs sont séparés par un verrou que constituent l'endocol et la glaire cervicale. La flore vaginale normale se caractérise par une grande diversité des lactobacilles et des espèces colinisatrices. La flore vaginale pathologique se caractérise aussi par la diversité des espèces qui prolifèrent dans la cavité vaginale, en particulier au cours de la vaginose.