La Convention Internationale sur la Biodiversité (CBD) ouverte à la signature en 1992 et actuellement ratifiée par 174 états est le premier accord global qui traite de la biodiversité sous tous ses aspects. Cette convention reconnaît aux états des droits souverains sur leur ressources biologiques, et l'un de ses objectifs majeurs est le partage juste et équitable des bénéfices découlant de l'exploitation commerciale des ressources génétiques. Avant l'entrée en vigueur de la CBD, la biodiversité était considérée comme étant le patrimoine de l'humanité. Conformément à la CBD, les collections de microorganismes ont un rôle important à jouer dans la préservation ex situ de la biodiversité microbienne. La stricte application de la CBD impliquera d'assurer « la traçabilité » des microorganismes distribués, et pour ceux protégés par un brevet et déposés dans une collection ayant le statut d'Autorité de Dépôt International (ADI) d'en mentionner l'origine, afin d'identifier le pays qui pourrait réclamer des redevances sur une application commerciale. La CBD procure un « cadre légal » pour la prospection de la biodiversité, mais des protocoles précis rencontrant les intérêts divergents des différents pays devront être mis en place et une harmonisation des législations existantes sera indispensable.