Le facteur d'environnement le mieux caractérisé dans la maladie de Crohn est le tabac, qui non seulement favorise le développement de la maladie, mais aussi en aggrave l'évolution. L'arrêt du tabac a un effet favorable sur l'évolution de la maladie et doit faire partie de la prise en charge thérapeutique au même titre que les traitements médicamenteux d'entretien. La pilule oestroprogestative et l'appendicectomie n'ont pas d'effet démontré. Le rôle d'autres facteurs environnementaux reste hypothétique bien que les facteurs diététiques, qui sont les plus difficiles à étudier, puissent avoir aussi une importance.