Le bien-être fait référence à l'état psychologique subjectif de l'individu par rapport à son environnement interne et externe. Puisque nous ne sommes pas encore capables de lire directement les sensations et les émotions de l'animal, nous en sommes réduits à les inférer de l'analyse de leurs manifestations objectives, en particulier physiologiques et comportementales, qui ont été étudiées dans le contexte de la psychobiologie des émotions, du stress et de l'adaptation. L'activation des systèmes neuroendocriniens de réponse au stress (axe corticotrope et système nerveux sympathique) fournissent de nombreux marqueurs pour l'étude des réponses biologiques aux facteurs d'environnement. Cependant leur interprétation en termes de bien-être devra prendre en considération le rôle de ces systèmes dans la physiologie générale de l'organisme. On utilisera aussi des critères comportementaux (analyse du budget-temps et de l'utilisation de l'espace, comportements anormaux, expression des liens sociaux, tests de préférences) qu'il faudra analyser dans le contexte des acquis de l'éthologie appliquée.