Le complexe majeur d'histocompatibilité comprend la famille des gènes HLA de classe I et II très polymorphiques qui joueat un rôle central en transplantation clinique. En outre, une cartographie récente de cette région a démontré la présence d'un grand nombre d'autres gènes HLA et non-HLA. Les gènes TAP et TAPASIN jouent un rôle essentiel pour le chargement de peptides sur les antigènes HLA dasse HLA-DM et HLA-DO fonctionnent comme «éditeurs de peptides» pour la présentation de peptides par les antigènes HLA e classe Il. Parmi es gènes dits de classe lb, HLA-E a été démontré comme ligand des récepteurs des cellules NK (Natural Killer). Les antigènes MIC (MHC dass I-chain related) sont reconnus par les récepteurs des lymphocytes T γδ de la muqueuse intestinale. Plusieurs autres gènes non-HLA découverts très récemment mais dont la fonction est encore inconnue pourraient se révéler des candidats à une fonction immunologique ou expliquer l'association de certains antigènes HLA avec les maladies auto-immunes.