L'analyse phylogénétique du virus de l'immunodéficience humaine (VIH1) a permis de décrire trois groupes : M pour major, O pour outlier et N pour non M non O. Les souches du groupe M restent largement majoritaires et correspondent à la pandémie de VIH actuellement observée. Elles sont divisées en neuf sous-types : A-D, F-H, J et K. Des virus recombinants de ces différents sous-types sont apparus, appelés circulating recombinantforms ou CRF. Ils jouent également un rôle important dans l'épidémie mondiale de sida. Les virus du groupe O sont présents essentiellement en Afrique centrale et plus spécialement au Cameroun avec une prévalence de 0,5 % [1, 2]. Le groupe N a été identifié chez quelques patients d'origine camerounaise atteints de sida [3]. La diversité génétique du VIH1 est responsable d'une grande variabilité nucléotidique et antigénique des souches. Elle est observée surtout dans les pays du sud et de plus en plus fréquemment dans les pays du nord. Cela a des conséquences sur les performances des tests de dépistage sérologique et de quantification de la charge virale.