La flore bactérienne cutanée est constituée à l'état naturel d'une flore commensale permanente qui s'installe sur la peau dès les premières heures de la vie. Une flore bactérienne dite contaminante, transitoire, peut coexister. En cas de rupture de la barrière cutanée, la survenue d'une colonisation est systématique. En fonction de l'origine de cette rupture, l'écologie bactérienne va être variable. La difficulté réside dans le diagnostic différentiel entre colonisation et infection qui, actuellement, repose essentiellement sur des critères clinico-biologiques. La prise en charge d'une plaie infectée sur le plan microbiologique et par conséquent anti-infectieux doit respecter certaines règles simples : pas de prélèvements systématiques, ce qui a pour conséquence un moindre risque de sélection de bactéries multirésistantes par un mésusage des antibiotiques et une économie monétaire ; préférer les prélèvements profonds aux prélèvements superficiels, permettant l'isolement des agents bactériens effectivement en cause dans le processus infectieux ; favoriser les bonnes conditions d'acheminement des prélèvements au laboratoire de microbiologie ; optimiser le «traitement» des prélèvements au laboratoire de microbiologie afin de permettre une meilleure interprétation des résultats. Dans l'avenir, la recherche d'un lien entre certains marqueurs de virulence et le diagnostic d'infection devraient nous laisser envisager de nouveaux marqueurs biologiques d'infection permettant une meilleure approche diagnostique et thérapeutique.