Dans un passé récent, sur la base d'une casuistique limitée, plusieurs allégations ont été formulées suggérant un lien entre vaccination et maladies auto-immunes. C'est ainsi qu'en France, la vaccination contre l'hépatite B a été accusée d'induire des cas de sclérose en plaques tandis qu'aux U.S.A., la vaccination contre Haemophilus influenzae à été incriminée dans l'augmentation de fréquence du diabète de type I. Bien que ces allégations n'aient pas été confirmées lors d'investigations plus approfondies, elles peuvent influencer les politiques vaccinales et contribuent à diminuer l'acceptabilité individuelle des vaccinations. Il est donc essentiel d'y porter l'attention nécessaire et d'évaluer objectivement leur validité relative. Une meilleure compréhension des mécanismes favorisant ou limitant l'expression d'une pathologie auto-immune permet maintenant de mieux évaluer le risque associé à certaines vaccinations. Par analogie avec certaines maladies infectieuse associées à des manifestations auto-immunes (par ex., infections par Campylobacterjejuni ou par streptocoques du groupe A), on a évoqué le risque qui pourrait théoriquement résulter soit d'un mimétisme moléculaire entre antigènes microbiens et antigènes humains, soit d'une activation non spécifique de l'immunité innée par certains composants vaccinaux. Il apparaît cependant que l'efficacité des mécanismes de régulation immunologique limite considérablement de tels risques. En fait, lorsqu'on applique des critères sérieux lors des analyses de causalité, il est extrêmement rare d'observer ce type de complication en association avec les vaccins actuellement utilisés en routine. Par ailleurs, en fonction des données actuelles, il paraît important de ne pas priver des patients atteints de maladies auto-immunes du bénéfice évident qu'ils peuvent retirer de vaccinations contre la grippe, l'hépatite B ou les infections pneumococciques.