Les candidoses et aspergilloses invasives sont des infections fongiques opportunistes, souvent nosocomiales, en augmentation en raison de la multiplication du nombre de patients présentant des facteurs de risques. L'arsenal antifongique s'est considérablement enrichi ces dernières années avec des formes galéniques nouvelles pour l'amphotéricine B, des spectres d'activité élargie pour les azoles (voriconazole), et l'apparition d'une nouvelle classe d'antifongiques actifs sur la paroi fongique, les échinocandines, représentée actuellement par la caspofungine. Leur maniement s'est donc complexifié alors que les moyens diagnostiques sont toujours pris en défaut dans de nombreuses circonstances. La première étape est donc une analyse combinée du dossier clinique et des facteurs de risque d'infections fongiques, des signes cliniques, des résultats de l'imagerie et des données microbiologiques. Une récente conférence de consensus privilégie lors des candidémies, la prescription de fluconazole pour les espèces sensibles à cet antifongique et les formes liposomales d'amphotéricine B ou la caspofongine pour les espèces résistantes ou doses dépendantes. Pour l'aspergillose invasive, la préférence en première intention est donnée au voriconazole avec les formes liposomales d'amphotéricine B et la caspofungine en deuxième intention. Dès que possible, les formes orales doivent être privilégiées. Pour le traitement empirique, seules l'amphotéricine B, sa forme liposomale, et la caspofungine ont actuellement l'AMM. Les associations d'antifongiques, en dehors du cas particulier de l'association amphotéricine B + flucytosine dans les cryptococcoses neuroméningées, n'ont pour l'instant pas été validées par des études cliniques. Leur emploi doit rester pour l'instant limité et argumenté lors de situations d'échec.