L'étude des pathogènes émergents et ré-émergents constitue une source importante d'innovations conceptuelles et techniques pour la mise en évidence des micro-organismes, reposant sur leur isolement et culture, leur détection immunologique directe et indirecte et leur détection moléculaire. L'isolement et la culture des pathogènes émergents est le but de ces travaux dont la réalisation ouvre toutes les possibilités de diagnostic, et de traitement des infections émergentes. Les outils immunologiques sont particulièrement contributifs, après isolement, à la détection rapide de nouveaux cas et aux études épidémiologiques. La détection et l'analyse de fragments du génome microbien par les outils de la biologie moléculaire constituent des modalités du diagnostic direct des pathogènes émergents particulièrement contributives à la description des nouvelles maladies infectieuses. La détection des bactéries émergentes avant leur isolement repose sur l'amplification puis le séquençage partiel de gènes universels tels que le gène codant 16S rARN directement à partir des échantillons cliniques ou environnementaux. Une deuxième technique moléculaire, l'analyse de représentation différentielle (representational différence analysis, RDA) de l'ADN d'un agent transmissible a permis de caractériser le génome de l'herpesvirus humain de type 8. Une 3^e technique a permis la caractérisation du virus de l'hépatite C par clonage et criblage des clones recombinés avec un sérum de patient infecté. Par ailleurs, l'identification moléculaire des pathogènes isolés et cultivés qui ne sont pas identifiés par les méthodes habituelles est également une source importante de description de nouvelles maladies infectieuses et de nouvelles formes cliniques. Plusieurs outils universels sont utilisables pour l'identification des bactéries, il n'y a pas d'outil moléculaire universel pour les virus mais des cibles moléculaires de détection pour chaque famille. La mise à disposition des génomes de micro-organismes émergents offrira de nouvelles possibilités pour leur détection et leur identification moléculaire.