Malgré l'avènement de nouvelles techniques, la scintigraphie de perfusion couplée à la scintigraphie de ventilation garde une place prépondérante dans le diagnostic de l'embolie pulmonaire (EP). Dans le cadre d'une amélioration de la fiabilité et de la reproductibilité du diagnostic, cette étude propose la mise en place d'une quantification automatique de la répartition des traceurs radioactifs par segments pulmonaires. Les mesures sont effectuées suite à une procédure de mise en correspondance non rigide d'atlas morphologiques 2D des poumons sur les scintigraphies. L'adaptation de ces atlas à la morphologie des patients est réalisée en exploitant l'information d'isocontour des scintigraphies et en mettant en oeuvre les descripteurs de Fourier pour une détermination des paramètres de la transformation. L'étude clinique sur une population de 30 patients de probabilité nulle pour l'embolie pulmonaire, a permis, après une étude de la robustesse de la quantification, d'établir des atlas fonctionnels 2D segmentaires en fonction des conditions d'acquisition. Dans le cas de la perfusion, sous quatre incidences, la répartition relative de l'activité mesurée par lobe est la suivante: Lobe Inférieur Droit = 23,39 %, Lobe Moyen = 10,41%, Lobe Supérieur Droit = 20,37%, Lobe Inférieur Gauche = 20,6% et Lobe Supérieur Gauche = 25,6 % dont culmen = 18,8 % et lingula = 6,8 %. Ces valeurs sont comparables à celles de la littérature. Le processus de quantification que nous proposons est adaptable à la scintigraphie de ventilation à l'équilibre. Les quantifications segmentaires d'un patient effectuées dans les mêmes conditions d'acquisition que les atlas fonctionnels, pourront être comparées à celles de référence et fournir des indicateurs pour le diagnostic de l'EP, le suivi des patients et le bilan préopératoire des cancers bronchiques.