Une meilleure compréhension des mécanismes favorisant ou limitant l'expression d'une pathologie auto-Immune permet de mieux évaluer le risque associé à certaines infections ou vaccinations. L'efficacité des mécanismes régulateurs semble limiter au maximum le risque d'auto-immunité résultant de mimétisme moléculaire ou d'une activation de l'immunité Innée. Cela explique pourquoi, lorsque l'on applique des critères stricts d'analyse de causalité, ce type de complication apparaît excessivement rare avec les vaccins utilisés actuellement. Les allégations récemment formulées dans ce domaine n'ont pas été confirmées par des investigations plus approfondies. Par ailleurs, en fonction des données actuelles, il apparaît important de ne pas priver des patients atteints de maladies auto-immunes du bénéfice évident qu'ils peuvent retirer de vaccinations contre la grippe, l'hépatite B ou les Infections pneumococciques.