Dans le cadre de l'évaluation des procédures d'entretien des endoscopes, les prélèvements micro-biologiques des canaux constituent une intéressante méthode, utilisée ici pour évaluer en condition d'usage un couple « nettoyant enzymatique à activité bactéricide-désinfectant à base d'acide peracétique » sur quatre gastroscopes et trois coloscopes. L'étude de la contamination initiale a montré un important niveau de contamination avec présence de micro-organismes à risque nosocomial majeur (MORNM) pour deux endoscopes sur sept. Deux semaines après la mise en place de la nouvelle procédure, les prélèvements effectués à une semaine d'intervalle ont montré des résultats très satisfaisants avec moins de 50 UFC par endoscope et absence de MORNM. Malgré leur intérêt indéniable, les prélèvements microbiologiques des canaux ne se substituent ni à l'évaluation de l'application des procédures, ni aux audits de pratique mais les complètent. Par ailleurs, ils nécessitent des conditions de prélèvement et d'analyse des échantillons standardisées ainsi que la définition de niveaux microbiens seuils pour l'interprétation des résultats.