Il est désormais possible de décrire les composants qui permettent le démarrage de la transcription des gènes. Malgré le nombre et la diversité des sous-unités qui composent l'ARN polymérase II, le déclenchement spécifique de la transcription nécessite la présence de facteurs additionnels, pour aboutir à la formation du complexe de préinitiation, responsable de la transcription de base du promoteur. L'expression des gènes est alors réglée par la reconnaissance de séquences spécifiques additionnelles par les facteurs correspondants. Ces activateurs, en association avec les co-activateurs, influent ainsi sur la machinerie transcriptionelle de base. Enfin, l'ADN étant empaqueté sous forme de chromatine inerte dans le noyau, un ensemble de protéines modifiant ou remodelant le nucléosome est nécessaire pour transcrire un gène in vivo.