De nombreux facteurs de risque des cancers biliaires ont été mis en évidence, en particulier chez les malades de moins de 50 ans, mais ils n'expliquent qu'une faible proportion de l'ensemble des cas. En dehors des rares cancérogènes chimiques identifiés, ces facteurs ont en commun un état inflammatoire chronique des voies biliaires. Deux facteurs de risque expliquent la majorité des cancers de la vésicule biliaire : 1) les cholécystites chroniques lithiasiques, en particulier scléroatrophiques et/ou partiellement calcifiées (risque de 40%), ou non lithiasiques (Salmonella typhi); 2) les anomalies de la jonction bilio-pancréatique favorisant un reflux intravésiculaire de suc pancréatique avec un risque global de l'ordre de 15 %, plus élevé en l'absence de dilatation associée de la voie biliaire principale qu'en cas de dilatation. Les facteurs de risque identifiés des cancers des voies biliaires sont la cholangite sclérosante, les malformations congénitales des voies biliaires infra- et extrahépatiques (kyste cholédocien, fibrose hépatique congénitale, syndrome de Caroli) et les distomatoses observées en Orient (Opisthorchis viverrini et Clonorchis sinensis). Dix à 15 % des cholangites sclérosantes se compliquent de cholangiocarcinome ; le risque est majeur dans les douze mois suivant le diagnostic de la cholangite ; il se stabilise ensuite autour de 1,5 % par an. Cinq à 10 % des cancers primitifs du foie sont des carcinomes cholangiocellulaires. Exceptionnels sur foie sain, ces cancers partagent les mêmes facteurs de risque que les carcinomes hépatocellulaires : cirrhose alcoolique ou virale, hémochromatose.