Philosophe, mathématicien, astronome, humaniste devenu médecin, Jean Fernel appelé l'Hippocrate français, acharné au travail, s'est assigné comme défi de combler le vide de treize siècles depuis Galien; il vise une triple synthèse: celle de la philosophie d'Aristote et de la philosophie chrétienne, celle de la médecine et de la philosophie, celle de la médecine antique et de la médecine de la Renaissance. Il fonde la médecine sur la philosophie: la médecine est la science par excellence. La médecine devient un essai d'explication philosophique, la physiologie une anthropologie psychosomatique et la psychologie un essai de localisation des facultés de l'âme. Il introduit et définit les termes de physiologie et de pathologie dans leur sens moderne. La théorie des éléments conduit à la théorie célèbre des tempéraments. Il n'est ni un inventeur, ni un réformateur, mais un conciliateur. Si de son temps, il est placé au premier rang parmi les médecins français et parmi les philosophes, son entreprise se solde par un échec sur le plan philosophique, sur le plan scientifique et sur le plan médical: la restauration du dogmatisme galénique laisse la médecine engluée dans la philosophie et bloque sa renaissance; le clinicien est un rationaliste qui campe dans un monde logique.