L'utilisation progressive des nouvelles fluoroquinolones pour le traitement des infections respiratoires fait craindre l'apparition de souches bactériennes résistantes, notamment de Streptococcus pneumoniae. En France, la part de prescription des quinolones est nettement en retrait par rapport à plusieurs grands pays. C'est le cas aussi pour les fluoroquinolones antipneumococciques, même s'il y a une légère augmentation depuis un an. Après l'inquiétude suscitée par la publication en 1999 de deux études, l'une au Canada, l'autre à Hong Kong, suggérant des pourcentages de résistance des pneumocoques aux fluoroquinolones en augmentation, il apparaît finalement que la fréquence d'isolement de souches résistantes reste jusqu'à présent très faible, notamment en France, alors que la résistance à la pénicilline et aux macrolides dépasse 50 % dans la plupart des études. Les mécanismes de résistance de S. pneumoniae sont représentés par des mutations chromosomiques qui peuvent diminuer l'affinité des cibles intrabactériennes des fluoroquinolones que sont la topoisomérase IV et l'ADN gyrase, ou bien entraîner une augmentation de l'efflux actif. S'il est possible de rester aujourd'hui raisonnablement optimiste, il est néanmoins indispensable de mettre en oeuvre des mesures préventives concernant la prescription et l'hygiène afin de limiter le risque d'émergence et de dissémination de souches de pneumocoques résistantes aux fluoroquinolones.