La quantification par PCR en temps réel est très utilisée dans le cadre de la détection des génomes viraux. Elle permet d'estimer la concentration d'une cible particulière d'ADN ou d'ARN par rapport à un standard. De nombreuses techniques sont applicables à cette méthode (SybrGreen, test d'hybridation, sonde beacon...); néanmoins, la plus utilisée pour la quantification des génomes viraux est le TaqMan basé sur l'utilisation d'une sonde doublement marquée (par un bloqueur en 3' et un rapporteur en 5') et d'une ADN polymérase présentant une activité exonucléasique. Il existe de nombreuses applications pour cette technique qui a été adaptée pour tous les herpèsvirus humains, pour le VHB, le VHC, le TTV, l'HPV, l'HTLV, les VIH1 et 2, les entérovirus, les virus influenza A et B, le virus BK et le virus de la dengue. A l'heure actuelle, le TaqMan est très utilisé en recherche, car il présente de très nombreux avantages et, malgré son coût élevé, son utilisation en diagnostic clinique au sein des laboratoires d'analyses se développe de plus en plus. De même, les autres techniques de quantification par PCR en temps réel ne cessent de se développer et permettent une utilisation de ces méthodes dans de nombreux domaines de la biologie.