L'autorisation de mise sur le marché des Nouveaux Aliments (NA) et en particulier des aliments constitués ou issus d'organismes génétiquement modifiés (OGM) est soumise à l'évaluation préalable de leur salubrité, terme qui recouvre à la fois les notions d'innocuité et de valeur nutritionnelle. Les tests toxicologiques standards utilisés pour les produits chimiquement bien définis sont mal adaptés lorsqu'il s'agit de protéines alimentaires et d'aliments complexes. C'est pourquoi l'évaluation de l'innocuité des NA est fondée sur le concept de Substantielle Equivalence selon lequel, si un NA est reconnu substantiellement équivalent à un aliment traditionnel, il peut être considéré de la même manière au plan de l'innocuité. Établir l'équivalence substantielle consiste, par une démarche analytique, à comparer un nouvel aliment à un aliment correspondant existant. Cet aliment traditionnel n'a lui-même jamais été évalué scientifiquement mais il est consommé depuis longtemps et le recul dont on dispose sur son usage est considéré comme une garantie d'innocuité. Cependant les bases de comparaison avec l'aliment de référence ne sont pas fixées de manière exhaustive ni définitive. Elles peuvent en effet varier selon les régions géographiques et dans le temps, avec l'évolution des habitudes alimentaires ou des procédés technologiques. Les critères à prendre en compte pour établir l'équivalence substantielle sont donc toujours l'objet de discussions. Après avoir analysé les informations concernant les différentes caractéristiques de l'hôte, du donneur, de l'organisme modifié (notamment la nature des séquences d'ADN insérées et la fonctionnalité du transgène), et enfin du produit alimentaire final lui-même, trois situations peuvent se présenter : 1. l'équivalence substantielle est établie, c'est-à-dire que rien ne permet de distinguer le NA de l'aliment traditionnel correspondant. Le NA est alors considéré aussi sûr que cet aliment de référence et aucune étude complémentaire n'est nécessaire pour établir l'innocuité ; 2. aucune équivalence substantielle ne peut être établie entre le NA et un aliment traditionnel de référence. C'est le cas notamment lorsque la modification génétique ne porte pas seulement sur une caractéristique agronomique ou technologique particulière mais sur la composition en nutriments et donc change la valeur nutritionnelle; 3. le cas le plus fréquent cependant est celui où l'équivalence substantielle est établie à l'exception du produit d'expression du transgène, correspondant à une caractéristique agronomiquc ou technologique particulière bien définic. Il est alors nécessaire d'entreprendre une évaluation des effets éventuels, directs ou indirects, de l'insertion et de l'expression du transgène. On peut schématiquement distinguer quatre niveaux de risqucs. 1. Le risque génétique lie à la nature des séquences insérées. C'est essentiellement la possibilité de transfert horizontal du géne marqueur de résistance aux antibiotiques à la microflore intestinale, et la dissémination de cette résistance vers des bactéries pathogènes. 2. La toxicité de la (des) protéine(s) étrangére(s) exprimée(s), Il s'agit de la protéine d'intérèt codée par le transgène ainsi que la protéine éventuellement exprimée par le gène marqucur qui l'accompagne, L'évaluation de la toxicité des protéines par voie digestive ne bénéficie pas de test standardisé.