Malgré la place actuelle des entérocoques dans les infections nosocomiales, la signification clinique de l'isolement d'un entérocoque d'un produit pathologique reste à discuter au cas par cas. Quand l'entérocoque semble impliqué dans un processus infectieux, deux raisons principales justifient son identification jusqu'à l'espèce. La première est l'existence de résistances naturelles particulières à certaines espèces, Enterococcus faecium pour certains aminosides, Enterococcus gallinarum et Enterococcus casseliflavus/flavescens pour la vancomycine, qui sont difficilement détectables par les techniques de routine d'antibiogramme. La deuxième est la surveillance épidémiologique des entérocoques multirésistants aux antibiotiques, essentiellement E. faecium, qui suppose une identification correcte des souches. L'identification précise paraît maintenant souhaitable, au moins dans les cas d'infection grave. L'identification au genre est aisée, ainsi que l'identification à l'espèce pour Enterococcus faecalis et pour certains E. faecium; elle est plus délicate dans les autres cas, en particulier pour les espèces qui sont moins souvent isolées chez l'homme.